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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 替换晶体中的基团
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 替换晶体中的基团

我想把晶体中的一个基团用另一个基团替换，或者说把其中的分子用另一个分子替换有什么方法？
    我想随机的加入分子，思路是这样的，先利用KMC algorithm在沉积一层膜，这个层沉积只能是原子，用的得到的膜，复制出来放入晶胞，（把原子的膜的文件，的基失加大，得到距离很大），然后用一个分子去替换这类原子，这样就可以的到分子的膜。
    现在的问题是怎么在MS中用一个分子去替换这类原子？有没有人做过？
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
1楼 2011-08-15 10:50:19
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-08-15 23:45:42
删除不需要的分子，新建需要的分子，复制粘贴，可行？呵呵
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2楼2011-08-15 19:52:17
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by uuv2010 at 2011-08-15 19:52:17:
删除不需要的分子，新建需要的分子，复制粘贴，可行？呵呵

不行呀，复制黏贴，贴过去的坐标和原来模型中分子的坐标一样，多个的话要一个个调，数量大了就太麻烦了
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
3楼2011-08-15 20:29:54
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-08-15 23:45:52
引用回帖:
3楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-08-15 20:29:54:
不行呀，复制黏贴，贴过去的坐标和原来模型中分子的坐标一样，多个的话要一个个调，数量大了就太麻烦了

是的，少量个原子的时候替换可以复制粘贴，很多原子的时候调起来很麻烦。
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4楼2011-08-15 22:53:38
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
不要沉下去！
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
5楼2011-08-20 13:43:19
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
似乎在分子模拟板有个帖子将MS建模型的。MS有自动搜索某类位置的功能。
我找找看。
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6楼2011-08-20 14:52:50
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

【答案】应助回帖

贺仪(金币+10): 呵呵 谢谢区长提示！ 2011-08-20 21:13:45
zyj8119
似乎是这个专家顾问的帖子。但是现在找不到了。记得是一个分子筛的建模。
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7楼2011-08-20 15:02:47
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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

贺仪(金币+5): 多谢你的热心帮助 2011-08-20 21:20:37
引用回帖:
6楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-08-20 14:52:50:
似乎在分子模拟板有个帖子将MS建模型的。MS有自动搜索某类位置的功能。
我找找看。

Edit->Find Patterns 可以自动搜索某类位置
赞一下 回复此楼
从明天开始坚持吃早饭呀！
8楼2011-08-20 15:03:06
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wzbhit at 2011-08-20 15:03:06:
Edit->Find Patterns 可以自动搜索某类位置

这个怎么用？
Pattern document ：选择要的分子？
match property ：ElementType？
这个有点不对劲呀 找不到，没任何变化呀……
大侠 麻烦说的详细点
赞一下 回复此楼
嘟啦啦嘟啦啦嘟
9楼2011-08-20 21:23:45
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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
youzhizhe(金币+3): 谢谢交流。 2011-08-24 10:40:59
引用回帖:
9楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-08-20 21:23:45:
这个怎么用？
Pattern document ：选择要的分子？
match property ：ElementType？
这个有点不对劲呀 找不到，没任何变化呀……
大侠 麻烦说的详细点

首先在一个新的xsd文件里画出你要替换的分子结构（被替换的那个分子结构），然后
Pattern document ：选择刚才新建的那个文件
match property ：ElementType
这样就会标示出要替换单元。自动替换貌似没有这样的功能（这样的功能我是不知道）
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从明天开始坚持吃早饭呀！
10楼2011-08-21 09:24:39
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