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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 替换晶体中的基团

我想把晶体中的一个基团用另一个基团替换,或者说把其中的分子用另一个分子替换有什么方法?
    我想随机的加入分子,思路是这样的,先利用KMC algorithm在沉积一层膜,这个层沉积只能是原子,用的得到的膜,复制出来放入晶胞,(把原子的膜的文件,的基失加大,得到距离很大),然后用一个分子去替换这类原子,这样就可以的到分子的膜。
    现在的问题是怎么在MS中用一个分子去替换这类原子?有没有人做过?
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by uuv2010 at 2011-08-15 19:52:17:
删除不需要的分子,新建需要的分子,复制粘贴,可行?呵呵

不行呀,复制黏贴,贴过去的坐标和原来模型中分子的坐标一样,多个的话要一个个调,数量大了就太麻烦了
嘟啦啦嘟啦啦嘟
3楼2011-08-15 20:29:54
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

不要沉下去!
嘟啦啦嘟啦啦嘟
5楼2011-08-20 13:43:19
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by wzbhit at 2011-08-20 15:03:06:
Edit->Find Patterns 可以自动搜索某类位置

这个怎么用?
Pattern document :选择要的分子?
match property :ElementType?
这个有点不对劲呀 找不到,没任何变化呀……
大侠 麻烦说的详细点
嘟啦啦嘟啦啦嘟
9楼2011-08-20 21:23:45
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
10楼: Originally posted by wzbhit at 2011-08-21 09:24:39:
首先在一个新的xsd文件里画出你要替换的分子结构(被替换的那个分子结构),然后
Pattern document :选择刚才新建的那个文件
match property :ElementType
这样就会标示出要替换单元。自动替换貌似没有这样 ...

这只是个找一个大的体系中的片段的功能,如果建好的分子再大体系中没有是找不到的,我是要找到原子,然后用分子去替代
嘟啦啦嘟啦啦嘟
11楼2011-08-21 10:44:18
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢分享。 2011-08-24 10:41:47
MS没有解决方案
自己写了个程序
见贴:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3514059
最后面的才是正确的
嘟啦啦嘟啦啦嘟
12楼2011-08-23 15:09:22
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