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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 替换晶体中的基团

我想把晶体中的一个基团用另一个基团替换,或者说把其中的分子用另一个分子替换有什么方法?
    我想随机的加入分子,思路是这样的,先利用KMC algorithm在沉积一层膜,这个层沉积只能是原子,用的得到的膜,复制出来放入晶胞,(把原子的膜的文件,的基失加大,得到距离很大),然后用一个分子去替换这类原子,这样就可以的到分子的膜。
    现在的问题是怎么在MS中用一个分子去替换这类原子?有没有人做过?
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
10楼: Originally posted by wzbhit at 2011-08-21 09:24:39:
首先在一个新的xsd文件里画出你要替换的分子结构(被替换的那个分子结构),然后
Pattern document :选择刚才新建的那个文件
match property :ElementType
这样就会标示出要替换单元。自动替换貌似没有这样 ...

这只是个找一个大的体系中的片段的功能,如果建好的分子再大体系中没有是找不到的,我是要找到原子,然后用分子去替代
嘟啦啦嘟啦啦嘟
11楼2011-08-21 10:44:18
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

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★ ★
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-08-15 23:45:42
删除不需要的分子,新建需要的分子,复制粘贴,可行?呵呵
2楼2011-08-15 19:52:17
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by uuv2010 at 2011-08-15 19:52:17:
删除不需要的分子,新建需要的分子,复制粘贴,可行?呵呵

不行呀,复制黏贴,贴过去的坐标和原来模型中分子的坐标一样,多个的话要一个个调,数量大了就太麻烦了
嘟啦啦嘟啦啦嘟
3楼2011-08-15 20:29:54
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uuv2010

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★ ★
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-08-15 23:45:52
引用回帖:
3楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-08-15 20:29:54:
不行呀,复制黏贴,贴过去的坐标和原来模型中分子的坐标一样,多个的话要一个个调,数量大了就太麻烦了

是的,少量个原子的时候替换可以复制粘贴,很多原子的时候调起来很麻烦。
4楼2011-08-15 22:53:38
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