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patent至尊木虫 (正式写手)
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[求助]
怎样限制键角，谢谢
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我的体系是含金属离子的蛋白酶，如图，锌离子与三个组氨酸的氮螯合，距离为0.22nm左右，角度为96度左右，请问模拟时怎样限制键角呢，谢谢！！！用gromacs [ Last edited by patent on 2011-8-15 at 18:29 ] |
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5楼2011-08-31 10:39:49
patent
至尊木虫 (正式写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 14127.5
- 散金: 20
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- 在线: 847.4小时
- 虫号: 57321
- 注册: 2005-01-29
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
3楼2011-08-18 16:32:43
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至尊木虫 (正式写手)
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根据manual,我用下面的方ro法 [ angle_restraints ] ; i j k l type theta0 fc mult 651 1211 1683 1211 1 96.0 1500 1 但grompp时报错 WARNING 1 [file test1.top, line 18] Duplicate atom index (1211) in angle_restraints 又改用 [ angle_restraints ] ; i j k l type theta0 fc mult 651 1211 1211 1 96.0 1500 1 但grompp时报错 Incorrect number of parameters - found 2, expected 3 or 6 for Angle Rest.. 我用gromacs4.5.4版，期待高人解答，万分感谢！！！ |
4楼2011-08-20 08:12:19