| 查看: 1586 | 回复: 4 | |||
patent至尊木虫 (正式写手)
|
[求助]
怎样限制键角，谢谢
|
我的体系是含金属离子的蛋白酶，如图，锌离子与三个组氨酸的氮螯合，距离为0.22nm左右，角度为96度左右，请问模拟时怎样限制键角呢，谢谢！！！用gromacs [ Last edited by patent on 2011-8-15 at 18:29 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
接受任何调剂
已经有4人回复
-
一志愿中科大材料与化工，353分还有调剂学校吗
已经有12人回复
-
320求调剂
已经有4人回复
-
二苯甲酮酸类衍生物
已经有5人回复
-
一志愿华中农业071010，320求调剂
已经有18人回复
-
295分求调剂
已经有5人回复
-
294求调剂
已经有8人回复
-
山东双非院校考核超级无底线，领导幸灾乐祸，教师遭殃恐
已经有8人回复
-
0854求调剂
已经有25人回复
-
一志愿沪9，326求生物学调剂
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求大家帮我看看审稿人的这个意见（Uiso/Uij？）谢谢大家！！！急
已经有10人回复
- 在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？
已经有15人回复
- 【求助】键长键角等固定后的优化..悬赏30...【已经解决～感谢～】
已经有22人回复
- 【求助】单点能计算
已经有10人回复
- 【求助】结晶水中H的键角怎么限定？
已经有4人回复
- 【求助】关于scan
已经有10人回复
patent
至尊木虫 (正式写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 14806.5
- 散金: 20
- 帖子: 459
- 在线: 850.3小时
- 虫号: 57321
- 注册: 2005-01-29
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
2楼2011-08-17 12:35:40
patent
至尊木虫 (正式写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 14806.5
- 散金: 20
- 帖子: 459
- 在线: 850.3小时
- 虫号: 57321
- 注册: 2005-01-29
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
3楼2011-08-18 16:32:43
patent
至尊木虫 (正式写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 14806.5
- 散金: 20
- 帖子: 459
- 在线: 850.3小时
- 虫号: 57321
- 注册: 2005-01-29
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
|
根据manual,我用下面的方ro法 [ angle_restraints ] ; i j k l type theta0 fc mult 651 1211 1683 1211 1 96.0 1500 1 但grompp时报错 WARNING 1 [file test1.top, line 18] Duplicate atom index (1211) in angle_restraints 又改用 [ angle_restraints ] ; i j k l type theta0 fc mult 651 1211 1211 1 96.0 1500 1 但grompp时报错 Incorrect number of parameters - found 2, expected 3 or 6 for Angle Rest.. 我用gromacs4.5.4版，期待高人解答，万分感谢！！！ |
4楼2011-08-20 08:12:19
5楼2011-08-31 10:39:49
