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至尊木虫 (正式写手)

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性别: GG
专业: 合成药物化学

[求助] 怎样限制键角，谢谢

我的体系是含金属离子的蛋白酶，如图，锌离子与三个组氨酸的氮螯合，距离为0.22nm左右，角度为96度左右，请问模拟时怎样限制键角呢，谢谢！！！用gromacs

[ Last edited by patent on 2011-8-15 at 18:29 ]

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1楼 2011-08-14 19:25:33

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至尊木虫 (正式写手)

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专业: 合成药物化学

根据manual,我用下面的方ro法
[ angle_restraints ]
; i j k l          type theta0    fc          mult
651 1211 1683 1211    1    96.0    1500          1
但grompp时报错
WARNING 1 [file test1.top, line 18]
   Duplicate atom index (1211) in angle_restraints
又改用
[ angle_restraints ]
; i j k l          type theta0    fc          mult
651 1211  1211    1    96.0    1500          1
但grompp时报错
Incorrect number of parameters - found 2, expected 3 or 6 for Angle Rest..

我用gromacs4.5.4版，期待高人解答，万分感谢！！！