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至尊木虫 (正式写手)

[求助] 怎样限制键角,谢谢

我的体系是含金属离子的蛋白酶,如图,锌离子与三个组氨酸的氮螯合,距离为0.22nm左右,角度为96度左右,请问模拟时怎样限制键角呢,谢谢!!!用gromacs


[ Last edited by patent on 2011-8-15 at 18:29 ]
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至尊木虫 (正式写手)

顶起,等待高手
2楼2011-08-17 12:35:40
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至尊木虫 (正式写手)

再顶!!!!!!!!!!
3楼2011-08-18 16:32:43
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至尊木虫 (正式写手)

根据manual,我用下面的方ro法
[ angle_restraints ]
; i j k l            type    theta0     fc             mult
651 1211 1683 1211     1      96.0     1500            1
但grompp时报错
WARNING 1 [file test1.top, line 18]
     Duplicate atom index (1211) in angle_restraints
又改用
[ angle_restraints ]
; i j k l            type    theta0     fc             mult
651 1211  1211     1      96.0     1500            1
但grompp时报错
Incorrect number of parameters - found 2, expected 3 or 6 for Angle Rest..

我用gromacs4.5.4版,期待高人解答,万分感谢!!!
4楼2011-08-20 08:12:19
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shijipei

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

nama中怎么固定二面角啊!
希望在这里可以学到更多知识,大家多指教哦。
5楼2011-08-31 10:39:49
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