24小时热门版块排行榜    

查看: 6395  |  回复: 35
【奖励】 本帖被评价27次,作者wuli8增加金币 20.8
本帖产生 1 个 1ST强帖 ,点击这里进行查看

[资源] cif2pos的更新版本生成的POSCAR和cell文件的结果一致

原版地址:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2189189&fpage=0&view=&highlight=&page=1
感谢hedaors

只要更新晶格常数部分。使生成的POSCAR和cell文件的结果一致。
欢迎大家提出宝贵意见。
测试六角晶系没有问题,和cell文件保持一致。
欢迎大家给出其他晶系的测试结果。谢谢。

PS:本修改的目的只是给出另一种方法。非喜勿下。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

VASP

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
用MS输出的时候要把所有的Bond删除了,而且要make P1。
python要用2.6版的不能太老也不能太新。
2楼2011-08-13 06:01:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

★★★★★ 五星级,优秀推荐

呵呵
3楼2011-08-13 16:30:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liangpei

木虫 (职业作家)


★★★ 三星级,支持鼓励

引用回帖:
2楼: Originally posted by wuli8 at 2011-08-13 06:01:52:
用MS输出的时候要把所有的Bond删除了,而且要make P1。
python要用2.6版的不能太老也不能太新。

哥们,这个还是需要继续努力修正的吧,似乎还有问题啊
4楼2011-08-15 14:43:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by liangpei at 2011-08-15 14:43:07:
哥们,这个还是需要继续努力修正的吧,似乎还有问题啊

具体什么问题?
我的六角结构和cell文件的一样。
5楼2011-08-15 15:44:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

enola

捐助贵宾 (正式写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

谢谢斑竹
6楼2011-08-15 16:42:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liangpei

木虫 (职业作家)


引用回帖:
5楼: Originally posted by wuli8 at 2011-08-15 15:44:03:
具体什么问题?
我的六角结构和cell文件的一样。

这个似乎还没有按照原子来排序吧
7楼2011-08-16 09:47:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by liangpei at 2011-08-16 09:47:29:
这个似乎还没有按照原子来排序吧

原子次序是自己输入定义的。
我重新确认了一下和cell文件的坐标是完全一致的
8楼2011-08-16 13:44:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liangpei

木虫 (职业作家)


引用回帖:
8楼: Originally posted by wuli8 at 2011-08-16 13:44:44:
原子次序是自己输入定义的。
我重新确认了一下和cell文件的坐标是完全一致的

我check一下,谢谢!
9楼2011-08-19 09:56:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liangpei

木虫 (职业作家)


怎么运行啊!???
10楼2011-10-16 20:41:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
引用回帖:
1474403楼: Originally posted by liangpei at 2011-10-16 20:41:36
怎么运行啊!???

这是一个用 python 写的脚本,主要是将 cif 文件转成 vasp 用的  POSCAR, 目前只能用于转换 make p1 的 cif 文件,我般是用 materials studio 建完模之后,make p1 一

下,然后导出 cif 文件,然后再用 cif2pos 脚本转成 POSCAR
注意:要删除所有的键。
用法:

cif2pos 一共有两个参数, cif file,  title 。
其中 cif file 就是要转换的 cif 文件, title 是可选参数,可以不写,指的是 POSCAR 的第一行的标题。

cif2pos example.cif  CaCO3
或者直接

cif2pos example.cif

这时的 POSCAR 第一行就默认是 Title

程序会提示输入元素的名称,这个要和你的 POTCAR 顺序一致。
比如我的 POTCAR 顺序为 C O Ca (我习惯按元素序号的顺序)

就在程序提示时输入  C O Ca 回车,注意这里区分大小写。

输出在 POSCAR 里,同时屏幕打印出结果。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2189189
14楼2013-01-12 12:50:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sungjen

银虫 (著名写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

楼主能不能上传一份  python,还有就是怎么验证自己转换的是否正确,十分感激
15楼2013-07-12 10:19:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sungjen

银虫 (著名写手)


能不能告知下如何找到隐藏的cell文件,我的CASTEP文件夹下只有三个文件,没有找到cell文件啊
16楼2013-07-12 15:34:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天妖祸世

新虫 (初入文坛)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

好东西呀,老是搞不定cif到poscar这一步
19楼2013-12-23 19:35:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

LIBAOLI44

新虫 (初入文坛)


★★★ 三星级,支持鼓励

谢谢楼主
27楼2016-10-08 18:29:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
qqpie11楼
2011-12-19 17:44   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
hy198700712楼
2012-07-14 19:14   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
2012-10-24 20:36   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
victemww17楼
2013-11-17 16:43   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
cjcorange18楼
2013-12-09 16:27   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
2013-12-23 21:01   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
2013-12-30 23:24   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
redzou22楼
2014-06-11 16:48   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
netimes23楼
2015-03-24 22:50   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
2015-05-30 16:03   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
2015-10-16 20:04   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
amberkaka26楼
2015-12-23 11:47   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
82726086428楼
2016-12-08 20:32   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
xiansea29楼
2017-01-05 19:08   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
王大石30楼
2017-03-14 15:38   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
园中园31楼
2017-04-09 19:56   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
123左叉32楼
2017-08-03 10:50   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
zwmiracle33楼
2018-01-24 12:06   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
2018-01-25 14:22   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
jymm35楼
2019-03-20 13:18   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
jlchang6636楼
2019-11-27 10:53   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
相关版块跳转 我要订阅楼主 wuli8 的主题更新
☆ 无星级 ★ 一星级 ★★★ 三星级 ★★★★★ 五星级
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 8/400 2026-08-23 14:30 by KM5EcsNQRBPn
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +3 process2012 2026-08-23 4/200 2026-08-23 12:54 by huixian257
[基金申请] 让我中一个面上吧! +12 大萍1987 2026-08-20 14/700 2026-08-23 10:30 by wrm
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 07:41 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 10/500 2026-08-23 07:17 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 03:40 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 11/550 2026-08-23 02:55 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 zjuhero 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[教师之家] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 4/200 2026-08-22 16:52 by sunzitan
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见