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liuyusuc

禁虫 (正式写手)

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fcenf

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-08-13 08:46:59
liuyusuc(金币+2): 非常 感谢您的指导! 2011-08-13 17:36:36
引用回帖:
1楼: Originally posted by liuyusuc at 2011-08-03 17:55:48:
请教各位高手,Tinker程序中这句话的含义是什么  Enter a Set of Alternate Atom Locations  pdb.xyz

这个应该是让输入交替位点标识吧。交替位点标识是pdb文件坐标部分第17列的字符,你想用哪个交替位点标识,输入就行啦。如果pdb文件坐标部分第17列的字符和你输入的不同,并且也不是空格,那tinker就会忽略这行坐标的。
http://home.ustc.edu.cn/~fucf
2楼2011-08-12 11:58:49
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liuyusuc

禁虫 (正式写手)

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3楼2011-08-13 17:40:28
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fcenf

木虫 (初入文坛)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-08-15 09:21:03
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuyusuc at 2011-08-13 17:40:28:
感谢您的指导,那么我所输入的内容会对结果有影响吗,如果有的话,又会是怎样的影响呢?另外,还想请教一下您的是,您是从哪里学到的有关tinker的这些知识的,我现在杠杆开始接触这类东西还不是很明白,请您帮帮 ...

对于pdb文件我也不了解,不清楚交替位点标识到底是干什么用的。但根据源码里写的,tinker会根据你的输入,在读取pdb文件时,忽略交替位点标识不为空格,并且和你的输入不同的坐标行,这应该对结果用影响吧~
学习tinker,一方面要对MD的基本知识有一定的了解,另外就是看官网上的手册呀。有能力的话可以看tinker的源码,还是很清晰的~
http://home.ustc.edu.cn/~fucf
4楼2011-08-14 11:08:52
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