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liuyusuc

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1楼 2011-08-03 17:55:48
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fcenf

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-08-13 08:46:59
liuyusuc(金币+2): 非常 感谢您的指导！ 2011-08-13 17:36:36
引用回帖:
1楼: Originally posted by liuyusuc at 2011-08-03 17:55:48:
请教各位高手，Tinker程序中这句话的含义是什么  Enter a Set of Alternate Atom Locations  pdb.xyz

这个应该是让输入交替位点标识吧。交替位点标识是pdb文件坐标部分第17列的字符，你想用哪个交替位点标识，输入就行啦。如果pdb文件坐标部分第17列的字符和你输入的不同，并且也不是空格，那tinker就会忽略这行坐标的。
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http://home.ustc.edu.cn/~fucf
2楼2011-08-12 11:58:49
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liuyusuc

禁虫 (正式写手)
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3楼2011-08-13 17:40:28
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fcenf

木虫 (初入文坛)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-08-15 09:21:03
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuyusuc at 2011-08-13 17:40:28:
感谢您的指导，那么我所输入的内容会对结果有影响吗，如果有的话，又会是怎样的影响呢？另外，还想请教一下您的是，您是从哪里学到的有关tinker的这些知识的，我现在杠杆开始接触这类东西还不是很明白，请您帮帮 ...

对于pdb文件我也不了解，不清楚交替位点标识到底是干什么用的。但根据源码里写的，tinker会根据你的输入，在读取pdb文件时，忽略交替位点标识不为空格，并且和你的输入不同的坐标行，这应该对结果用影响吧～
学习tinker，一方面要对MD的基本知识有一定的了解，另外就是看官网上的手册呀。有能力的话可以看tinker的源码，还是很清晰的～
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http://home.ustc.edu.cn/~fucf
4楼2011-08-14 11:08:52
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