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liuyihua铁杆木虫 (小有名气)
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【分享】Tinker 5出来啦！ 已有1人参与
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简介 TINKER是一些程序的集合，用于进行分子力学和分子动力学计算，以及一些用于生物聚合物计算的特殊功能。注意新旧版本之间的很多计算并不兼容，因为它们的参数文件并不相同。 功能 1. 目前可以使用的力场有AMBER-94/96，CHARMM27，MM2(1991)，MM3(2000)，OPLS-AA和OPLS-UA。其它的力场UFF，ENCAD，MMFF和MM4正在构建中。另外，基于极化原子多极静电的TINKER力场也正在开发中。 2. TINKER包含多种算法：较通常方法快的新型距离-结构度量化方法，Elber的反应路径方法，用于全局优化的几种势能曲面平滑和寻找(PSS)方法，高效的势能曲面扫描程序，基于原子多极的静电偶极极化率，用几种不同的广义Born (GB/SA)模型进行连续的溶剂处理，高效简化的Newton (TNCG)定位优化程序，表面面积和体积，简单的自由能微扰工具，简正模式分析，直角坐标最小值，扭转或刚体空间，速率Verlet随机动力学，改善的球面能量截断方法，用于部分电荷的粒子网格Ewald总和，用于极化多极矩的常规Ewald总和，最新的长程静电反应场处理方法，模拟退火，构像寻找，MD的Andersen随机碰撞恒温，等等。 3. 改善的晶体最小化算法。 4. TINKER可以结合RasMol，ChemDraw，Chem3D，gOpenMol，MOLDEN，GAMESS-US和ReView使用。 5. PDB文件可以转化为TINKER文件，使得分子结构的输入有丰富的来源。 6. 对无穷聚合体，如金刚石和石墨进行操作。 官方主页: http://dasher.wustl.edu/tinker/ |
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