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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 【分享】Tinker 5出来啦！
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liuyihua

铁杆木虫 (小有名气)

[交流] 【分享】Tinker 5出来啦！ 已有1人参与

简介 　
TINKER是一些程序的集合，用于进行分子力学和分子动力学计算，以及一些用于生物聚合物计算的特殊功能。注意新旧版本之间的很多计算并不兼容，因为它们的参数文件并不相同。
功能 　
1. 目前可以使用的力场有AMBER-94/96，CHARMM27，MM2(1991)，MM3(2000)，OPLS-AA和OPLS-UA。其它的力场UFF，ENCAD，MMFF和MM4正在构建中。另外，基于极化原子多极静电的TINKER力场也正在开发中。
2. TINKER包含多种算法：较通常方法快的新型距离-结构度量化方法，Elber的反应路径方法，用于全局优化的几种势能曲面平滑和寻找(PSS)方法，高效的势能曲面扫描程序，基于原子多极的静电偶极极化率，用几种不同的广义Born (GB/SA)模型进行连续的溶剂处理，高效简化的Newton (TNCG)定位优化程序，表面面积和体积，简单的自由能微扰工具，简正模式分析，直角坐标最小值，扭转或刚体空间，速率Verlet随机动力学，改善的球面能量截断方法，用于部分电荷的粒子网格Ewald总和，用于极化多极矩的常规Ewald总和，最新的长程静电反应场处理方法，模拟退火，构像寻找，MD的Andersen随机碰撞恒温，等等。
3. 改善的晶体最小化算法。
4. TINKER可以结合RasMol，ChemDraw，Chem3D，gOpenMol，MOLDEN，GAMESS-US和ReView使用。
5. PDB文件可以转化为TINKER文件，使得分子结构的输入有丰富的来源。
6. 对无穷聚合体，如金刚石和石墨进行操作。

官方主页:
http://dasher.wustl.edu/tinker/
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1楼 2009-07-31 08:40:58
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 8-2 13:26
引用回帖:
Originally posted by snoopyzhao at 2009-8-2 10:17:
手册似乎还没有更新，呵呵……

不专业咯。
也就是《疯狂的赛车》里这两个外来非务工人员的水平。
赞一下(11人) 回复此楼
5楼2009-08-02 10:45:25
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
好咯。不知道手册是不是编得适合人类阅读了。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2009-07-31 14:20:45
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lccbat

金虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
哈，楼上对手册的意见大发了
不知道和4.2比，有什么改进，去看一眼
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2009-08-01 10:26:56
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 8-2 13:26
手册似乎还没有更新，呵呵……
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2009-08-02 10:17:05
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