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应用wincoot 和CCP4i 解决蛋白和小分子化合物共结晶时，小分子化合物的定位问题
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请教：我需要解决蛋白和小分子化合物共结晶时，小分子化合物的定位问题。当应用wincoot把小分子化合物插到蛋白中可能的电子云密度里，merge分子，生成新的PDB文件，请问这样有没有错？然后当我再把生成的PDB文件和此蛋白的MTZ文件输入到CCP4i中时，CCP4i运行显示Fail， 不知这其中的症结在何处？是我的方法不正确，还是缺少其他的软件？ 错误显示如下： ERROR : UNK : duplicated atom_name : "C ". chain: XX residue: 0 ERROR : UNK : duplicated atom_name : "C ". chain: XX residue: 0 ERROR : UNK : duplicated atom_name : "C ". chain: XX residue: 0 ERROR : UNK : duplicated atom_name : "C ". chain: XX residue: 0 ERROR : UNK : duplicated atom_name : "C ". ............................................ |
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2楼2020-01-02 20:59:10