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李佳佳佳

金虫 (正式写手)

Alice

[求助] 下图是怎么做的

请问下图中charge是如何与能带图中的带对应起来的？怎么做局部的电荷啊？在电荷密度图上能看出来什么性质啊？
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停不下的马蹄，滴答滴答~
1楼 2011-07-25 08:40:41
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-07-25 12:42:02
李佳佳佳(金币+1): 2011-07-30 17:52:41
看说明书吧 里面有讲的
给你中文的，转载别人的http://hi.baidu.com/heyi87/blog/ ... 791e94b2b7dc89.html
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
4楼2011-07-25 10:36:08
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查看全部 18 个回答

zhouqihanshu

木虫 (正式写手)

爱我所爱
给你顶个，我也不知道，看看有高人没
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Whether the weather is fine or not!
2楼2011-07-25 08:55:31
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李佳佳佳

金虫 (正式写手)

Alice

引用回帖:
Originally posted by zhouqihanshu at 2011-07-25 08:55:31:
给你顶个，我也不知道，看看有高人没

是啊，我觉得这个图做的很好，也细致，就是不知道中间的怎么分析，又是怎么做出来的~~
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停不下的马蹄，滴答滴答~
3楼2011-07-25 09:54:26
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jaymimi

木虫 (正式写手)

.

【答案】应助回帖

franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-07-25 12:43:15
bingmou(金币-2): 转载请注明来源！而且转载内容与本贴无关 2011-07-26 09:00:00
李佳佳佳(金币+1): 2011-07-30 17:53:04
如从上面的HF分子的σ键电子密度差图Δρ，并参照MO系数来看,这个σ键可以分析为三个内含：

第一、原子以基组形式参与成键，这基组或者可以看作是广义的杂化。        
对于成键来说，基组一方面是为了弥合不同AO的波形的差距，融合成平滑、完整、统一的MO，另一方面是为了应对键间电子向键轴的聚集、收缩和原子之间的电子转移。
基组不仅是计算需要的一组数学表达式，当它们分配了系数、安排了电子，它就形成了一个新的广义杂化的空间AO，是具有能级值或说是电负性的，是有确定物理意义的，它是成键电子的载体、基础。

第二、电子在不同电负性原子之间转移。
从HF分子Δρ图可以清楚地看到，H缺失了大量的电子，导致电负性升高；F增加了大量的电子，导致电负性降低，直至二者电负性相等、均衡。
有趣的是，通常说sp杂化，用增大的一瓣去成键以增大重叠能力。但在HF中，MO的基组中s、p却是反位相的杂化，即HF以缩小的一瓣去成键，而用增大的一瓣去装转移过来的过多电子，这转移电子妥善安排在离键区远的外面集结。

第三、电子向键中间中移。
从HF分子Δρ图看，在H和F之间也有明显的电子聚集。这是人所共知的成键的关键表征。

此外，这种电子往键中间聚集、形成对二核的屏蔽加强，会减小原子核之间的排斥力，有利于降低体系的总体能量。

然而，所有上面这一些图形功能，单从gs03 cube并不能直接、方便地得到。

对于G03来说，它的cubegen是能作density和Orbitals等的空间格点的。
但是它的density（ρ）只是全分子的，分子的所有MO的电子密度加和，还自然包含分子中的1S、2S轨道，用图形展示出来是一个圆滚滚的样子，很难说明什么，也不利作密度差。

我们常常需要考察的是分子成键的单个特定的MO（或者孤对电子MO等）。
而G03的cubegen不能作某个MO的ρ，将某个MO的cube输入到cubman也不能作平方运算作成ρ，因为cubman缺少平方运算。

而且cubegen的空间数值格点输出文件，是没有坐标的。它的坐标隐含在输出文件的开始部分：空间网格每个边的格点数、空间格点的起始点、格点间隔。除了与其配套的软件外，其它软件很难用这个数据加工或作图。

Sobereva 博士专门开发的gsgrid程序就是为解决上述问题制作的，它把格点文件的数据提取出来，附上每个数据点的坐标。可以选取指定的XY/YZ/XZ平面，得到这个平面上的数据点以便做等值线图（MO图、ρ图），或对数据进行各种运算加工（作平方、作差值等），然后再作等值线图（Δρ图）。
gsgrid程序附有详细的使用说明，一看就会。

而进入高超的sigmaplot中作等值线，更是功能强大、得心应手！
赞一下(2人) 回复此楼
我很低调。。。。。。
5楼2011-07-25 10:54:23
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