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李佳佳佳

金虫 (正式写手)

Alice

[求助] 下图是怎么做的

请问下图中charge是如何与能带图中的带对应起来的?怎么做局部的电荷啊?在电荷密度图上能看出来什么性质啊?
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停不下的马蹄,滴答滴答~
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zhouqihanshu

木虫 (正式写手)

爱我所爱

给你顶个,我也不知道,看看有高人没
Whether the weather is fine or not!
2楼2011-07-25 08:55:31
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李佳佳佳

金虫 (正式写手)

Alice

引用回帖:
Originally posted by zhouqihanshu at 2011-07-25 08:55:31:
给你顶个,我也不知道,看看有高人没

是啊,我觉得这个图做的很好,也细致,就是不知道中间的怎么分析,又是怎么做出来的~~
停不下的马蹄,滴答滴答~
3楼2011-07-25 09:54:26
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-07-25 12:42:02
李佳佳佳(金币+1): 2011-07-30 17:52:41
看说明书吧 里面有讲的
给你中文的,转载别人的http://hi.baidu.com/heyi87/blog/ ... 791e94b2b7dc89.html
嘟啦啦嘟啦啦嘟
4楼2011-07-25 10:36:08
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jaymimi

木虫 (正式写手)

.

【答案】应助回帖

franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-07-25 12:43:15
bingmou(金币-2): 转载请注明来源!而且转载内容与本贴无关 2011-07-26 09:00:00
李佳佳佳(金币+1): 2011-07-30 17:53:04
如从上面的HF分子的σ键电子密度差图Δρ,并参照MO系数来看,这个σ键可以分析为三个内含:

第一、原子以基组形式参与成键,这基组或者可以看作是广义的杂化。        
对于成键来说,基组一方面是为了弥合不同AO的波形的差距,融合成平滑、完整、统一的MO,另一方面是为了应对键间电子向键轴的聚集、收缩和原子之间的电子转移。
基组不仅是计算需要的一组数学表达式,当它们分配了系数、安排了电子,它就形成了一个新的广义杂化的空间AO,是具有能级值或说是电负性的,是有确定物理意义的,它是成键电子的载体、基础。

第二、电子在不同电负性原子之间转移。
从HF分子Δρ图可以清楚地看到,H缺失了大量的电子,导致电负性升高;F增加了大量的电子,导致电负性降低,直至二者电负性相等、均衡。
有趣的是,通常说sp杂化,用增大的一瓣去成键以增大重叠能力。但在HF中,MO的基组中s、p却是反位相的杂化,即HF以缩小的一瓣去成键,而用增大的一瓣去装转移过来的过多电子,这转移电子妥善安排在离键区远的外面集结。

第三、电子向键中间中移。
从HF分子Δρ图看,在H和F之间也有明显的电子聚集。这是人所共知的成键的关键表征。

此外,这种电子往键中间聚集、形成对二核的屏蔽加强,会减小原子核之间的排斥力,有利于降低体系的总体能量。

然而,所有上面这一些图形功能,单从gs03 cube并不能直接、方便地得到。

对于G03来说,它的cubegen是能作density和Orbitals等的空间格点的。
但是它的density(ρ)只是全分子的,分子的所有MO的电子密度加和,还自然包含分子中的1S、2S轨道,用图形展示出来是一个圆滚滚的样子,很难说明什么,也不利作密度差。

我们常常需要考察的是分子成键的单个特定的MO(或者孤对电子MO等)。
而G03的cubegen不能作某个MO的ρ,将某个MO的cube输入到cubman也不能作平方运算作成ρ,因为cubman缺少平方运算。

而且cubegen的空间数值格点输出文件,是没有坐标的。它的坐标隐含在输出文件的开始部分:空间网格每个边的格点数、空间格点的起始点、格点间隔。除了与其配套的软件外,其它软件很难用这个数据加工或作图。

Sobereva 博士专门开发的gsgrid程序就是为解决上述问题制作的,它把格点文件的数据提取出来,附上每个数据点的坐标。可以选取指定的XY/YZ/XZ平面,得到这个平面上的数据点以便做等值线图(MO图、ρ图),或对数据进行各种运算加工(作平方、作差值等),然后再作等值线图(Δρ图)。
gsgrid程序附有详细的使用说明,一看就会。

而进入高超的sigmaplot中作等值线,更是功能强大、得心应手!
我很低调。。。。。。
5楼2011-07-25 10:54:23
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

【答案】应助回帖


zzy870720z(金币+1): 谢谢指教 2011-07-25 17:03:55
李佳佳佳(金币+2): 2011-07-30 17:53:11
把(对应的k点、对应的能量)的轨道图做出来就可以得到1楼的那个图了。
6楼2011-07-25 16:11:14
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子虚乌有5388

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
bingmou(金币+1): VASP中可以做,MS呢? 2011-07-26 08:58:32
bingmou(金币+1): VASP中可以做,MS呢? 2011-07-26 09:00:33
李佳佳佳(金币+1): 2011-07-30 17:53:24
做band decomposed 计算,就可得到这种。
这是土耳其人做的吧,他们的文章图做的很好看,很有特色,一看就知道是他们的
房无一间,地无一亩,身无分文,胸无大志。
7楼2011-07-25 22:02:31
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子虚乌有5388

木虫 (正式写手)

顺便 这个是用vasp做的
房无一间,地无一亩,身无分文,胸无大志。
8楼2011-07-25 22:08:32
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)


mazuju028(金币+1): 谢谢交流 2011-07-31 22:24:47
Band decomposed
http://blog.sina.com.cn/s/blog_5f15ead20100h5iu.html
不过搞不清楚这种图有什么作用,或者能说明什么东西。
9楼2011-07-26 10:32:22
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

还有这种图,与真正的电荷密度图有什么联系和区别。
10楼2011-07-26 10:34:25
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