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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Co3O4分子建模！
汕头大学海洋科学接受调剂
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haowenping

木虫 (著名写手)

[求助] Co3O4分子建模！

如何在MS中建立Co3O4分子的模型呢？希望会的大牛赐教下，谢谢了~~~
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1楼 2011-07-22 12:52:48
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awmc2008

至尊木虫 (文坛精英)

学习者

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-07-22 20:37:18
haowenping(金币+2): 谢谢，但是我不知道原子的相对坐标呀~能否告知一二？ 2011-07-23 20:17:51
只要知道原子的相对位置，就可以利用sketch atom工具画分子。
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xuexizhe
2楼2011-07-22 20:29:18
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dujunhui

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-07-23 16:47:02
haowenping(金币+5): 谢谢提示，但是我没有ICDS呀，我该如何查? 2011-07-23 20:18:17
查ICDS，根据里面的数据建模
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3楼2011-07-23 08:24:23
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haowenping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by dujunhui at 2011-07-23 08:24:23:
查ICDS，根据里面的数据建模

谢谢，但是我不知道如何查呀，你能否帮我查下，然后告诉我他们的坐标，我这样就可以建模了~
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人有多大胆，地有多大产！
4楼2011-07-23 20:19:05
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dujunhui

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-07-25 13:57:55
*data for   ICSD #9362
Coll Code   9362
Rec  Date   1980/01/01
Chem Name   Cobalt Dicobalt(III) Oxide
Structured  Co Co2 O4
Sum         Co3 O4
ANX         AB2X4
D(calc)     6.1
Title       Electron-diffraction study of  Co3 O4
Author(s)   Kotousova, I.S.;Polyakov, S.M.
Reference   Kristallografiya
            (1972), 17, 661-663
Unit Cell   8.065(5) 8.065(5) 8.065(5) 90. 90. 90.
Vol         524.58
Z           8
Space Group F -4 3 m
SG Number   216
Cryst Sys   cubic
Pearson     cF56
Wyckoff     e3 c a
R Value     0.136
Red Cell    F  5.702 5.702 5.702 60 60 60 131.145
Trans Red   0.500 0.500 0.000 / 0.000 0.500 0.500 / 0.500 0.000 0.500
Comments    Mixed Valence compound for Co
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H        ITF(B)   
Co   1  +2    4 a   0           0           0              1.         0             0.3
Co   2  +2    4 c   0.25        0.25        0.25           1.         0             0.3
Co   3  +3    16 e  0.625       0.625       0.625          1.         0             0.3
O    1  -2    16 e  0.390(1)    0.390(1)    0.390(1)       1.         0             0.3
O    2  -2    16 e  -.140(1)    -.140(1)    -.140(1)       1.         0             0.3
*end for    ICSD #9362
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5楼2011-07-24 11:25:45
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dujunhui

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
haowenping(金币+10): 非常感谢了~ 2011-07-24 20:12:32
uuv2010(金币+1): 欢迎参加交流 2011-07-25 13:58:05
*data for   ICSD #24210
Coll Code   24210
Rec  Date   1986/09/25
Mod  Date   2003/04/01
Chem Name   Cobalt Dicobalt(III) Oxide
Structured  Co3 O4
Sum         Co3 O4
ANX         AB2X4
D(calc)     6.05
Title       Chalkogenides of the transition elements. VI. X-Ray, neutron, and
            magnetic investigation of the spinels Co3 O4, Ni Co2 O4, Co3 S4, and
            Ni Co2 S4
Author(s)   Knop, O.;Reid, K.I.G.;Sutarno, R.;Nakagawa, Y.
Reference   Canadian Journal of Chemistry
            (1968), 46, 3463-3476
            Phase Transition
            (1992), 38, 127-220
Unit Cell   8.0835(6) 8.0835(6) 8.0835(6) 90. 90. 90.
Vol         528.2
Z           8
Space Group F d -3 m Z
SG Number   227
Cryst Sys   cubic
Pearson     cF56
Wyckoff     e d a
R Value     0.0201
Red Cell    F  5.715 5.715 5.715 60 60 60 132.05
Trans Red   0.500 0.500 0.000 / 0.000 0.500 0.500 / 0.500 0.000 0.500
Comments    Stable up to 1150 K (2nd ref., Tomaszewski), above cubic
            Mixed Valence compound for Co
            The structure has been assigned a PDF number: 42-1467
            Structure type : Al2MgO4
            X-ray diffraction (powder)
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H        ITF(B)   
Co   1  +2    8 a   0.125       0.125       0.125          1.         0            1.02
Co   2  +3    16 d  0.5         0.5         0.5            1.         0            0.84
O    1  -2    32 e  0.2637(13)  0.2637(13)  0.2637(13)     1.         0            1.16
*end for    ICSD #24210
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6楼2011-07-24 11:26:17
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dujunhui

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 欢迎参加交流 2011-07-25 13:58:15
*data for   ICSD #27497
Coll Code   27497
Rec  Date   1980/01/01
Mod  Date   1984/04/05
Chem Name   Tricobalt Tetraoxide
Structured  Co3 O4
Sum         Co3 O4
ANX         AB2X4
D(calc)     6.1
Title       The magnetic structure of Co3 O4
Author(s)   Roth, W.L.
Reference   Journal of Physics and Chemistry of Solids
            (1964), 25, 1-10
Unit Cell   8.065 8.065 8.065 90. 90. 90.
Vol         524.58
Z           8
Space Group F d -3 m S
SG Number   227
Cryst Sys   cubic
Pearson     cF56
Wyckoff     e d a
Red Cell    F  5.702 5.702 5.702 60 60 60 131.145
Trans Red   0.500 0.500 0.000 / 0.000 0.500 0.500 / 0.500 0.000 0.500
Comments    Mixed Valence compound for Co
            Structure type : Al2MgO4
            No R value given in the paper.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H        ITF(B)   
Co   1  +2    8 a   0           0           0              1.         0           0.214
Co   2  +3    16 d  0.625       0.625       0.625          1.         0           0.214
O    1  -2    32 e  0.388       0.388       0.388          1.         0           0.214
*end for    ICSD #27497
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7楼2011-07-24 11:26:35
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haowenping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by dujunhui at 2011-07-24 11:26:17:
*data for   ICSD #24210
Coll Code   24210
Rec  Date   1986/09/25
Mod  Date   2003/04/01
Chem Name   Cobalt Dicobalt(III) Oxide
Structured  Co3 O4
Sum         Co3 O4
ANX         AB2X4
D(calc ...

你好，谢谢了，为什么你发了三个呢？这三个有什么区别吗？能否解释一二？期待着你的回答~
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8楼2011-07-24 20:15:53
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haowenping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by dujunhui at 2011-07-24 11:26:35:
*data for   ICSD #27497
Coll Code   27497
Rec  Date   1980/01/01
Mod  Date   1984/04/05
Chem Name   Tricobalt Tetraoxide
Structured  Co3 O4
Sum         Co3 O4
ANX         AB2X4
D(calc)      ...

还有我根据你说的这些数据，用MS能建出他的模型吗？谢谢了~
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9楼2011-07-24 20:17:20
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dujunhui

金虫 (正式写手)

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★ ★ ★
franch(金币+3): 谢谢指点 2011-07-25 12:43:53
haowenping(金币+3): 非常感谢！ 2011-07-26 10:24:48
引用回帖:
Originally posted by haowenping at 2011-07-24 20:15:53:
你好，谢谢了，为什么你发了三个呢？这三个有什么区别吗？能否解释一二？期待着你的回答~

不同实验条件下测出的数值都存在偏差，还有可能存在不同的相，比如同素异构体，都需要自己判断
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10楼2011-07-25 10:53:51
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