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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » coarse-grained 的力场参数
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xiaoyingw

金虫 (小有名气)

[求助] coarse-grained 的力场参数

请问一下，我想用Martini力场做粗粒度模拟，可是有一小部分结构Martini力场里没有相应的参数，怎么办？有什么办法可以从全原子的立场参数转过来吗？
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向前冲！！！
1楼 2011-07-20 11:05:57
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-07-20 14:42:02
自己写力场文件，或做table
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2楼2011-07-20 11:33:04
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xiaoyingw

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dubo at 2011-07-20 11:33:04:
自己写力场文件，或做table

自己写力场参数那具体的数值总要有依据的咯，Martini现有力场里没找到可以参照的，那参照什么呢？什么叫做table？
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向前冲！！！
3楼2011-07-20 14:15:46
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-07-20 14:42:11
"Martini现有力场"已经成型了，力场参数文献都已经公布了，查查文献吧
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4楼2011-07-20 14:19:15
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xiaoyingw

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dubo at 2011-07-20 14:19:15:
"Martini现有力场"已经成型了，力场参数文献都已经公布了，查查文献吧

可是Martini里的是比较典型的结构，像氨基酸什么的是比较全 ， 可是我的是个高分子聚合物，Martini里还没有它的力场参数
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向前冲！！！
5楼2011-07-20 15:59:57
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-07-21 07:33:08
就是说，Martinl力场没有包括你模拟的体系的抹些粒子？
这个就只能查文献，如果是粗粒化的粒子，即只能从all-atom中得到
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6楼2011-07-20 20:46:14
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xiaoyingw

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dubo at 2011-07-20 20:46:14:
就是说，Martinl力场没有包括你模拟的体系的抹些粒子？
这个就只能查文献，如果是粗粒化的粒子，即只能从all-atom中得到

恩，是的。那怎么从all-atoms中得到呢？我文献中看到AMBER可以，但是没找到用GROMACS从all-atoms得到粗粒度的力场参数。
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向前冲！！！
7楼2011-07-21 10:19:32
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zmy0714

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
473753楼: Originally posted by xiaoyingw at 2011-07-20 11:05:57
请问一下，我想用Martini力场做粗粒度模拟，可是有一小部分结构Martini力场里没有相应的参数，怎么办？有什么办法可以从全原子的立场参数转过来吗？

楼主现在 知道怎么把全原子力场参数转到粗粒化模型里了吗？
会的麻烦请教了
、
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人生第一个五年规划，加油咯
8楼2012-05-28 16:02:35
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