版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (4547)
>虫友互识 (291)
>文献求助 (216)
>导师招生 (123)
>招聘信息布告栏 (111)
>论文投稿 (108)
>考博 (80)
>休闲灌水 (69)
>学术会议 (63)
>教师之家 (45)
>硕博家园 (45)
>博后之家 (42)
>找工作 (39)
>基金申请 (36)
>考研 (35)
>公派出国 (33)

返回列表

xiaoyingw

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 959.1
散金: 146
帖子: 299
在线: 68.5小时
虫号: 738649
注册: 2009-04-02
性别: MM
专业: 生物物理化学

[求助] coarse-grained 的力场参数

请问一下，我想用Martini力场做粗粒度模拟，可是有一小部分结构Martini力场里没有相应的参数，怎么办？有什么办法可以从全原子的立场参数转过来吗？

回复此楼

» 猜你喜欢

售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急已经有9人回复
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急已经有7人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急已经有9人回复
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急已经有10人回复
OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？已经有6人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急已经有10人回复
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急已经有9人回复
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急已经有7人回复
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急已经有8人回复
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急已经有8人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

力场与多体势分别指什么？已经有10人回复
求Gromacs中Glycam力场数据包。。非常感谢已经有5人回复
请教关于materials studio建模和OPLS力场已经有7人回复
用tinker的amoeba09力场模拟~~总是提示参数未定义~~~怎么办啊~热切求助已经有7人回复
【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享” 已经有82人回复
【求助】求氯仿相关的力场参数已经有5人回复
【求助】ReaxFF 力场参数化问题请教已经有9人回复
【讨论】分子模拟中力场参数的调节讨论已经有7人回复
【求助】materials studio 软件中高分子材料模拟的力场选择已经有10人回复
【求助】量子化学方法求amber力场参数已经有10人回复
【求助】material studio的discover模块（compass 力场）计算缺少某个特殊键的参数，� 已经有7人回复
【求助】请问有拟合分子力场参数的FORTRAN程序吗？已经有13人回复

向前冲！！！

1楼 2011-07-20 11:05:57

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

dubo

金虫 (著名写手)

模拟EPI: 1
应助: 23 (小学生)
贵宾: 0.779
金币: 569.2
散金: 3220
红花: 31
沙发: 1
帖子: 1821
在线: 349.5小时
虫号: 559371
注册: 2008-05-17
性别: GG
专业: 高分子组装与超分子结构

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-07-20 14:42:02

自己写力场文件，或做table

赞一下(1人)

回复此楼

2楼2011-07-20 11:33:04

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

xiaoyingw

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 959.1
散金: 146
帖子: 299
在线: 68.5小时
虫号: 738649
注册: 2009-04-02
性别: MM
专业: 生物物理化学

引用回帖:

Originally posted by dubo at 2011-07-20 11:33:04:
自己写力场文件，或做table

自己写力场参数那具体的数值总要有依据的咯，Martini现有力场里没找到可以参照的，那参照什么呢？什么叫做table？

赞一下

回复此楼

向前冲！！！

3楼2011-07-20 14:15:46

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

dubo

金虫 (著名写手)

模拟EPI: 1
应助: 23 (小学生)
贵宾: 0.779
金币: 569.2
散金: 3220
红花: 31
沙发: 1
帖子: 1821
在线: 349.5小时
虫号: 559371
注册: 2008-05-17
性别: GG
专业: 高分子组装与超分子结构

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-07-20 14:42:11

"Martini现有力场"已经成型了，力场参数文献都已经公布了，查查文献吧

赞一下(1人)

回复此楼

4楼2011-07-20 14:19:15

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

xiaoyingw

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 959.1
散金: 146
帖子: 299
在线: 68.5小时
虫号: 738649
注册: 2009-04-02
性别: MM
专业: 生物物理化学

引用回帖:

Originally posted by dubo at 2011-07-20 14:19:15:
"Martini现有力场"已经成型了，力场参数文献都已经公布了，查查文献吧

可是Martini里的是比较典型的结构，像氨基酸什么的是比较全，可是我的是个高分子聚合物，Martini里还没有它的力场参数

赞一下

回复此楼

向前冲！！！

5楼2011-07-20 15:59:57

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

dubo

金虫 (著名写手)

模拟EPI: 1
应助: 23 (小学生)
贵宾: 0.779
金币: 569.2
散金: 3220
红花: 31
沙发: 1
帖子: 1821
在线: 349.5小时
虫号: 559371
注册: 2008-05-17
性别: GG
专业: 高分子组装与超分子结构

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-07-21 07:33:08

就是说，Martinl力场没有包括你模拟的体系的抹些粒子？
这个就只能查文献，如果是粗粒化的粒子，即只能从all-atom中得到

赞一下(1人)

回复此楼

6楼2011-07-20 20:46:14

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

xiaoyingw

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 959.1
散金: 146
帖子: 299
在线: 68.5小时
虫号: 738649
注册: 2009-04-02
性别: MM
专业: 生物物理化学

引用回帖:

Originally posted by dubo at 2011-07-20 20:46:14:
就是说，Martinl力场没有包括你模拟的体系的抹些粒子？
这个就只能查文献，如果是粗粒化的粒子，即只能从all-atom中得到

恩，是的。那怎么从all-atoms中得到呢？我文献中看到AMBER可以，但是没找到用GROMACS从all-atoms得到粗粒度的力场参数。

赞一下

回复此楼

向前冲！！！

7楼2011-07-21 10:19:32

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zmy0714

至尊木虫 (职业作家)

应助: 21 (小学生)
金币: 14945.8
散金: 4892
红花: 8
沙发: 1
帖子: 3172
在线: 659.3小时
虫号: 1166841
注册: 2010-12-10
性别: GG
专业: 高分子材料的加工与成型

引用回帖:

473753楼: Originally posted by xiaoyingw at 2011-07-20 11:05:57
请问一下，我想用Martini力场做粗粒度模拟，可是有一小部分结构Martini力场里没有相应的参数，怎么办？有什么办法可以从全原子的立场参数转过来吗？

楼主现在知道怎么把全原子力场参数转到粗粒化模型里了吗？
会的麻烦请教了
、

赞一下

回复此楼

人生第一个五年规划，加油咯

8楼2012-05-28 16:02:35

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主 xiaoyingw 的主题更新

返回列表

最具人气热帖推荐 [查看全部]		作者	回/看	最后发表

[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5	qR2AdCWTVtkw 2026-10-09	9/450	2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3	qR2AdCWTVtkw 2026-10-09	7/350	2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5	qR2AdCWTVtkw 2026-10-09	9/450	2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5	qR2AdCWTVtkw 2026-10-09	10/500	2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +3	wangyl_123 2026-10-10	6/300	2026-10-11 15:04 by Abin0406
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5	qR2AdCWTVtkw 2026-10-09	10/500	2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4	qR2AdCWTVtkw 2026-10-09	9/450	2026-10-11 14:13 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4	qR2AdCWTVtkw 2026-10-09	7/350	2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5	qR2AdCWTVtkw 2026-10-09	8/400	2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5	qR2AdCWTVtkw 2026-10-09	8/400	2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3	qR2AdCWTVtkw 2026-10-09	7/350	2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4	qR2AdCWTVtkw 2026-10-09	7/350	2026-10-11 10:53 by VOMexwnDzOFZ
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4	qR2AdCWTVtkw 2026-10-09	8/400	2026-10-11 10:53 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4	qR2AdCWTVtkw 2026-10-09	7/350	2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3	mandolin 2026-10-10	3/150	2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +3	好运来～9527 2026-10-10	5/250	2026-10-11 09:00 by 好运来～9527
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4	qR2AdCWTVtkw 2026-10-09	4/200	2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6	zapen 2026-10-08	8/400	2026-10-10 15:59 by zapen
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍 +5	13108017953 2026-10-08	5/250	2026-10-10 11:15 by wdwd123
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5	jing816y 2026-10-08	9/450	2026-10-10 09:05 by zapen