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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs修改源码，是编译前修改，还是编译后修改？
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dndxwoaini

新虫 (小有名气)

[交流] gromacs修改源码，是编译前修改，还是编译后修改？ 已有2人参与

gromacs修改源码，是编译前修改，还是编译后修改，我发现编译好的，只能在include下找到.h的头文件，反而没编译的有.c文件。。。
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1楼 2011-07-20 10:29:20
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dndxwoaini

新虫 (小有名气)
如果我想使其中一个原子做简谐振动，有什么思路可以提供吗，谢谢
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5楼2011-07-24 09:51:06
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-07-20 14:43:37
肯定是修改后编译，都编译好了，修改有啥用
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2楼2011-07-20 11:12:54
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-07-20 14:43:59
御剑江湖(模拟EPI+1): 谢谢 2011-07-20 14:44:22
最好是这样：
1、把GROMACS全部编译一遍
2、修改代码，但是原来的最好做个备份
3、然后编译自己的代码，生成的可执行文件最好与系统的不同
命令行如：

mpicc template.c  -o calc -g -lmd_mpi -lgmx_mpi -L/export/software/local/gromacs-3.3.1/lib -L/export/software/local/fftw-2.1.5/lib -L/usr/lib64 -L/usr/lib64 -lnsl -lsrfftw -lsfftw  -lXm -lXt  -lSM -lICE -lXext -lXp -lX11 -tpp7 -axW -ip -w -funroll-all-loops -db -I/export/software/local/gromacs-3.3.1/include/gromacs
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3楼2011-07-20 11:32:12
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dndxwoaini

新虫 (小有名气)
谢谢楼上2位的回答，新手还要改源码，很痛苦
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4楼2011-07-24 09:47:13
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