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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs怎么分析氢键存活时间？
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gxsulong

至尊木虫 (著名写手)

[求助] Gromacs怎么分析氢键存活时间？

用Gromacs怎么分析氢键存活时间？我看论坛上说用g_hbond -ac 或者-life来分析，下面两个图是我分析出来的结果，我看不懂。大家帮我看看每列代表什么。谢谢！
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霉菌
1楼 2011-07-20 08:21:11
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gxsulong(金币+1): 2011-07-21 08:32:58
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-07-21 14:07:46
gxsulong(金币+2): 谢谢 2011-07-22 08:20:16
不是输出文件中写着吗？
s0 legend ...
s1 legend ...
s2 legend ...
s3 legend ...
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-07-21 08:05:57
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by clinux at 2014-05-16 12:29:30
大神，那p(t)是表示什么参数？...

it means the distribution of lifetimes
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6楼2014-05-16 18:05:56
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普通回帖

dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-07-20 14:42:50
gxsulong(金币+3): 谢谢 2011-07-21 07:40:04
用ORIGIN做个图，然后根据氢键的性质，算一下时间应该就可以
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-07-20 11:35:24
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gxsulong

至尊木虫 (著名写手)
怎么算时间呢？图上的几列都不知道代表什么。
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霉菌
3楼2011-07-21 07:41:10
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clinux

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaowu759 at 2011-07-21 08:05:57
不是输出文件中写着吗？
s0 legend ...
s1 legend ...
s2 legend ...
s3 legend ...

大神，那p(t)是表示什么参数？
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读博是个坑
5楼2014-05-16 12:29:30
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xunweiyang

新虫 (初入文坛)
您好，我想请问下您，这份文件看懂了吗？我也遇到了同样的问题，希望能够得到您的帮助。多谢啦！
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7楼2015-04-08 10:33:16
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xunweiyang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xiaowu759 at 2014-05-16 18:05:56
it means the distribution of lifetimes...

请问下您知道s0 和s1这两列是什么意思吗？跟求氢键存活时间有什么关系啊？
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8楼2015-04-08 10:35:29
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lao7

金虫 (正式写手)
命令如何输入？不懂。我直接出入g_hbond...怎么显示gromacs没有这个命令？
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9楼2019-12-05 10:48:10
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pl913

禁虫
本帖内容被屏蔽
10楼2019-12-31 16:16:21
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