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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 是否引物发生错配
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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)

[求助] 是否引物发生错配

用一对A的特异引物对作为阴性的B扩增，竟也出现目的条带，不同实验者的结果条带亮度有明显差异，且重复性不是太好。本人对引物设计方面不是太了解，所以能否请大家帮忙看看到底是啥情况呢。将这对引物与B的标准序列做了比较如下，前端引物相关性似乎不大：
P1

P2-RC

另：退火温度为63度，提高温度貌似可以排除干扰。就以上比较而言，是否该对引物对B较易发生非特异扩增？

[ Last edited by lhm_hnyj on 2011-7-19 at 10:06 ]
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1楼2011-07-19 09:54:24
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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by shuihaizi at 2011-07-19 19:49:19:
相似度是满高的（超过14对就有可能很好的结合），为什么引物要设计那么长？A和B是不是同源基因啊？

谢谢您的解答。14对指单条引物上的相同碱基数吗？不起，实在没这方面的基础，有些知识没法消化。这对引物是别人规定好的，我们必须先用它来验证。A与B为同科不同属的物种。减少引物长度可能改善这一状况对吗？
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7楼2011-07-20 08:43:59
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tpldtc

金虫 (初入文坛)
主要看5'端和3'端的碱基互补,中间的几个互补不是太长应该没关系的
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2楼2011-07-19 10:59:44
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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tpldtc at 2011-07-19 10:59:44:
主要看5'端和3'端的碱基互补,中间的几个互补不是太长应该没关系的

按理不会结合才对是吧，这可如何是好，规定的就用这对引物
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3楼2011-07-19 11:20:08
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love_st

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

lhm_hnyj(金币+2): 2011-07-19 12:39:33
不能排除污染的原因
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4楼2011-07-19 12:08:07
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