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weekends

木虫 (小有名气)

[求助] 引物的片段怎么算?急!!!

实验中遇到的困难,我通过常规的方法blast不出来,提示“Please correct the following errors: Specified left primer exceeds built-in maximum of 36.”不知什么原因,请高手指点,或者帮我弄一下,最好的教我如何做,让小生学习学习!非常感谢啦!
目的基因        引物序列       
sh1上游:        GATCCGGATTGTCATGTGACTATAAATTCAAGAGATTTATAGTCACATGACAATCCTTTTTTA       
sh1下游:        AGCTTAAAAAAGGATTGTCATGTGACTATAAATCTCTTGAATTTATAGTCACATGACAATCCG       
预计片段大小(bp)?

sh2上游:GAT CCC GAC AGT GCA AAT ACG ACA AAT TCA AGA GAT TTG TCG TAT TTG CAC TGT CGT TTT TTA       
sh2下游:AGC TTA AAA AAC GAC AGT GCA AAT ACG ACA AAT CTC TTG AAT TTG TCG TAT TTG CAC TGT CGG       
预计片段大小(bp)?

sh3上游:GAT CCG ATC CGA CGT CTA CAG CTA TAT TCA AGA GAT ATA GCT GTA GAC GTC GGA TCT TTT TTA       
sh3下游:AGC TTA AAA AAG ATC CGA CGT CTA CAG CTA TAT CTC TTG AAT ATA GCT GTA GAC GTC GGA TCG       
预计片段大小(bp)?

shNC上游:GAT CCT TCT CCG AAC GTG TCA CGT TCT TCA AGA GAG AAC GTG ACA CGT TCG GAG AAT TTT TTA       
shNC下游:AGC TTA AAA AAT TCT CCG AAC GTG TCA CGT TCT CTC TTG AAG AAC GTG ACA CGT TCG GAG A AG       
预计片段大小(bp)?
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gwbk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
dhd997(金币+3): 2011-07-19 08:00:59
抛砖引玉
Specified left primer exceeds built-in maximum of 36
这句话大概是说,指定的引物超出了内置的36个碱基最大值。

你是用软件Blast吗?修改一下“内置36碱基最大值”参数,或者将引物变短试试。
2楼2011-07-18 21:21:59
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weekends

木虫 (小有名气)

“修改一下“内置36碱基最大值”参数,或者将引物变短试试”
怎么弄还是不会!高手能帮帮我吗?
3楼2011-07-18 21:34:31
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
Originally posted by weekends at 2011-07-18 20:23:34:
实验中遇到的困难,我通过常规的方法blast不出来,提示“Please correct the following errors: Specified left primer exceeds built-in maximum of 36.”不知什么原因,请高手指点,或者帮我弄一下,最好的教我 ...

四个预计片段大小都是67bp。
4楼2011-07-18 21:47:50
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gwbk

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by lxj341401 at 2011-07-18 21:47:50:
四个预计片段大小都是67bp。

愿闻其详~
5楼2011-07-18 22:50:28
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weekends

木虫 (小有名气)

四个预计片段大小都是67bp。 ?????
不懂怎么出来的!
6楼2011-07-18 23:10:03
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
dhd997(金币+3, EPI+1): 2011-07-19 08:01:15
weekends(金币+5): 谢谢!有点道理! 2011-07-20 23:16:43
引用回帖:
Originally posted by lxj341401 at 2011-07-18 21:47:50:
四个预计片段大小都是67bp。

因为DNA两条链的走向相反,所以下游引物先反向互补,然和和上游引物比对,重叠的都是59个碱基,每条引物各有4个碱基不互补,所以预计片段大小4+59+4=67.
7楼2011-07-19 07:41:10
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

但是没搞明白楼主的引物为什么都这么长(63个碱基)!
8楼2011-07-19 07:43:08
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

引用回帖:
Originally posted by lxj341401 at 2011-07-19 07:43:08:
但是没搞明白楼主的引物为什么都这么长(63个碱基)!

莫非是Overlap PCR?
9楼2011-07-19 16:30:13
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gwbk

木虫 (正式写手)


西瓜(金币+1): 等楼主解答吧 2011-07-21 11:02:10
有点像OverLap的引物....但Overlap也没必要这么长吧,片段连接或者单位点突变40个够了吧?莫非是多位点突变Overlap?
10楼2011-07-19 21:45:47
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