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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求助：TRFLP 数据分析
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 求助：TRFLP 数据分析

各位达人：
小弟目前在用TRFLP 对土壤微生物多样性进行分析。之前实验室没有做过这方面的研究，也是摸着石头过河。毛细管电泳部分交外公司。数据时回来了 但是不是很会分析。知道要做分析要用到一个网站http://mica.ibest.uidaho.edu以及要进行主成分分析。对于这一块很不了解。希望论坛里面有做过这方面工作的对我略略进行指导，将感激不尽！

再次非常感谢！
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1楼 2011-07-16 21:37:09
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ureyguo

木虫 (正式写手)
找几篇文献看看啦
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2楼2011-07-16 21:49:59
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by ureyguo at 2011-07-16 21:49:59:
找几篇文献看看啦

呵呵 一般文献只会说 用什么数据库做分析，要么就是说做了 PCA 分析~ 不会详细地说究竟怎么去做 最好是论坛上谁做过这个数据的分析 教教我啊
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3楼2011-07-17 14:32:06
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bear0329

金虫 (正式写手)
我也刚开始做啊，不知道怎么分析呢？现在做了回收，不知道酶切的时候用什么终止反应呢？直接用说明书上的loading buffer 可以么？
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以马内利！
4楼2011-07-17 17:32:55
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bear0329 at 2011-07-17 17:32:55:
我也刚开始做啊，不知道怎么分析呢？现在做了回收，不知道酶切的时候用什么终止反应呢？直接用说明书上的loading buffer 可以么？

有的内切酶是带了buffer 的，单但是我没有用 我是用65℃终止 或者直接扔4度冰箱。
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5楼2011-07-18 11:06:32
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bear0329

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 老夏853 at 2011-07-18 11:06:32:
有的内切酶是带了buffer 的，单但是我没有用 我是用65℃终止 或者直接扔4度冰箱。

恩，知道了，谢谢啊
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以马内利！
6楼2011-07-18 13:40:48
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web1_008

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2012-03-01 14:47:28
老夏853: 金币+1, ★有帮助 2012-03-23 09:17:34
老夏853: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-04-07 00:53:02
你好， 我也在做T-RFLP分析，我主要是分析了的真菌，用的biodap软件
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7楼2012-03-01 10:24:17
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by web1_008 at 2012-03-01 10:24:17:
你好， 我也在做T-RFLP分析，我主要是分析了的真菌，用的biodap软件

能详详细从原理  等等说说嘛 大家分享分享。。。
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8楼2012-03-04 14:04:17
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web1_008

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 老夏853 at 2012-03-04 14:04:17:
能详详细从原理  等等说说嘛 大家分享分享。。。

你好，就是T-RFLP的结果回来以后，利用biodap软件，分析一下，这个软件使用方法很简单，能分析出一些多样性指标和均匀度啥的。OUT，就是把低于50的丰度的条带去掉。剩余有多少条带就是多少OTU，然后计算一些其它的指数。相似性用的是两两比对，二者的相同的条带的个数除以二者总的条带个数。我就分析出了这些，真菌没有比对数据库，所以就没有比对种属啥的。细菌的可以。
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9楼2012-03-05 12:34:46
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by web1_008 at 2012-03-05 12:34:46:
你好，就是T-RFLP的结果回来以后，利用biodap软件，分析一下，这个软件使用方法很简单，能分析出一些多样性指标和均匀度啥的。OUT，就是把低于50的丰度的条带去掉。剩余有多少条带就是多少OTU，然后计算一些其它 ...

真菌没有数据库？？
请教下 你用的什么引物 什么酶  还有什么比对网站。。。。
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10楼2012-03-05 21:43:38
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