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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求助：TRFLP 数据分析
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web1_008

金虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 老夏853 at 2012-03-05 21:43:38:
真菌没有数据库？？
请教下 你用的什么引物 什么酶  还有什么比对网站。。。。

真菌的引物用的是ITS1F ITS4, 内切酶用过Hha I ， ALU I， Hinf I。比对的网址是https://secure.limnology.wisc.edu/trflp/index.jsp。这个比对细菌的，不是比对真菌的。
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11楼2012-03-06 09:36:34
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by web1_008 at 2012-03-06 09:36:34:
真菌的引物用的是ITS1F ITS4, 内切酶用过Hha I ， ALU I， Hinf I。比对的网址是https://secure.limnology.wisc.edu/trflp/index.jsp。这个比对细菌的，不是比对真菌的。

在线工具Microbial Community Analysis Ⅲ（http://mica.ibest.uidaho.edu/）
真菌用这个数据库可以在线比对。。
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12楼2012-03-06 20:23:31
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web1_008

金虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 老夏853 at 2012-03-06 20:23:31:
在线工具Microbial Community Analysis Ⅲ（http://mica.ibest.uidaho.edu/）
真菌用这个数据库可以在线比对。。

太好了，真感谢你，帮我一个大忙。
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13楼2012-03-07 09:33:01
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by web1_008 at 2012-03-07 09:33:01:
太好了，真感谢你，帮我一个大忙。

不过trflp在线比对的结果 一般不被认可。。你做做 数据分析好了。
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14楼2012-03-07 17:58:01
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zyz2007

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
老夏853(金币+2): ★★★很有帮助 多谢。。 2012-03-08 17:51:13
老夏853: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-03-23 09:18:26
老夏853: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-04-07 00:53:31
老夏853: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-04-10 09:35:27
http://trex.biohpc.org/ 这个网站分析T-RFLP数据不错，我就是在上面分析的。关于该网站有两篇文章，后面列表已经给出文章链接，希望对你有用
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15楼2012-03-08 08:14:29
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lyj290883

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
1584790楼: Originally posted by zyz2007 at 2012-03-08 08:14:29:
http://trex.biohpc.org/ 这个网站分析T-RFLP数据不错，我就是在上面分析的。关于该网站有两篇文章，后面列表已经给出文章链接，希望对你有用

请问http://trex.biohpc.org/ 这个网站都可以分析什么啊？我刚接触T-RFLP，很多都不懂，希望能跟各位学习学习。
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16楼2012-05-11 20:04:14
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lyj290883

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
1583044楼: Originally posted by web1_008 at 2012-03-05 12:34:46:
你好，就是T-RFLP的结果回来以后，利用biodap软件，分析一下，这个软件使用方法很简单，能分析出一些多样性指标和均匀度啥的。OUT，就是把低于50的丰度的条带去掉。剩余有多少条带就是多少OTU，然后计算一些其它 ...

请问biodap这个软件怎么用啊，你那有使用说明吗？
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17楼2012-05-11 20:30:53
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web1_008

金虫 (小有名气)
引用回帖:
1613886楼: Originally posted by lyj290883 at 2012-05-11 20:30:53:
请问biodap这个软件怎么用啊，你那有使用说明吗？

这个软件我还真没有说明书，挺简单的，按照例子把数据输入输入就行了。就是里面的例子输入以下就行了
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18楼2012-05-13 08:56:55
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672234993

金虫 (小有名气)
楼主您好，请问您做T-RFLP的时候是如何确定限制性内切酶的？我是新手，请您多多指教。
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我会回火星去的，别催我。。。。。。
19楼2013-04-04 10:53:42
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jerryzyy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
19楼: Originally posted by 672234993 at 2013-04-04 10:53:42
楼主您好，请问您做T-RFLP的时候是如何确定限制性内切酶的？我是新手，请您多多指教。

查文献，看文献都用什么你就用什么，多看，总结
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20楼2013-08-21 10:32:46
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