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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 求助:TRFLP 数据分析

各位达人:
小弟目前在用TRFLP 对土壤微生物多样性进行分析。之前实验室没有做过这方面的研究,也是摸着石头过河。毛细管电泳部分交外公司。数据时回来了 但是不是很会分析。知道要做分析要用到一个网站http://mica.ibest.uidaho.edu以及要进行主成分分析。对于这一块很不了解。希望论坛里面有做过这方面工作的对我略略进行指导,将感激不尽!

再次非常感谢!
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web1_008

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 老夏853 at 2012-03-04 14:04:17:
能详详细从原理  等等说说嘛 大家分享分享。。。

你好,就是T-RFLP的结果回来以后,利用biodap软件,分析一下,这个软件使用方法很简单,能分析出一些多样性指标和均匀度啥的。OUT,就是把低于50的丰度的条带去掉。剩余有多少条带就是多少OTU,然后计算一些其它的指数。相似性用的是两两比对,二者的相同的条带的个数除以二者总的条带个数。我就分析出了这些,真菌没有比对数据库,所以就没有比对种属啥的。细菌的可以。
9楼2012-03-05 12:34:46
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ureyguo

木虫 (正式写手)

找几篇文献看看啦
2楼2011-07-16 21:49:59
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by ureyguo at 2011-07-16 21:49:59:
找几篇文献看看啦

呵呵 一般文献只会说 用什么数据库做分析,要么就是说做了 PCA 分析~ 不会详细地说究竟怎么去做 最好是论坛上谁做过这个数据的分析 教教我啊
3楼2011-07-17 14:32:06
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bear0329

金虫 (正式写手)

我也刚开始做啊,不知道怎么分析呢?现在做了回收,不知道酶切的时候用什么终止反应呢?直接用说明书上的loading buffer 可以么?
以马内利!
4楼2011-07-17 17:32:55
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