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ruthxu金虫 (正式写手)
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Gromacs 中 PME 的用法
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在看文献时，有一段关于cutoff的设定的内容，如下： For Lennard-Jones interactions, a cutoff at 1.4 nm was applied, while electrostatic interactions were treated with the particle mesh Ewald (PME) method and a realspace cutoff of 0.9 nm. A larger than usual Lennard-Jones cutoff was used in order to increase the accuracy of the van der Waals interactions. Electrostatic interactions were treated with the PME method, which does not introduce artificial ordering like cutoff methods. The real-space cutoff of 0.9 nm used with the PME method is merely a numerical device in order to separate the direct- and reciprocal-space sums. Long-range dispersion corrections for energy and pressure were applied. 通过上述内容，在mdp文件中如何具体的设置呢？ 从这个问题中发现，在使用PME 时对于 rlist， rcoulomb， fourierspacing 的设定很困惑，希望高手可以解答一下！ 有相同问题的，可以一起讨论一下！ |
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3楼2011-07-15 00:54:17
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【答案】应助回帖
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ruthxu(金币+10): 很感谢！ 我的设定也是这样的，可师兄认为 rlist=rcoulom=rvdw=1.4 而fourierspacing=0.9，我觉得不对可又讲不出哪里不对。 2011-07-15 08:17:42
zh1987hs(金币+5): 谢谢 2011-07-15 22:56:37
zh1987hs(金币+5): 谢谢 2011-07-15 22:57:06
ruthxu(金币+10): 很感谢！ 我的设定也是这样的，可师兄认为 rlist=rcoulom=rvdw=1.4 而fourierspacing=0.9，我觉得不对可又讲不出哪里不对。 2011-07-15 08:17:42
zh1987hs(金币+5): 谢谢 2011-07-15 22:56:37
zh1987hs(金币+5): 谢谢 2011-07-15 22:57:06
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按文献里说的，我感觉mdp文件应该是这样吧。 rlist=0.9 vdwtype=cut-off rvdw=1.4 DispCorr=EnerPres coulombtype=PME rcoulomb=0.9 对于PME方法，应该rlist=rcoulomb。在可选的范围内，rlist越大，计算结果越精确，但过大的rlist值会影响计算效率的。主要看你的体系总体势能函数随距离变化的衰减速度，衰减快可以取小些，衰减慢就要适当取大些。 至于fourierspacing，我也说不太好，一般情况下用默认值。感觉其他条件不变，fourierspacing越小，PME方法的结果应该越精确，但过小就会影响计算的效率。0.1～0.12的设定应该是可以接受的。另为，手册上说同时增大或减小rcoulomb和fourierspacing，静电势的计算精度不变的。 |
2楼2011-07-15 00:42:32
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4楼2011-07-15 08:21:19
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5楼2011-07-15 16:36:30
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