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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 如何确定启动子
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1楼 2011-06-16 10:51:47
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

啮风

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
wickhamhan(金币+3): 2011-06-16 14:18:46
dhd997(金币+6, EPI+1): good 2011-06-16 15:00:53
已知全基因组序列，上有一个调控基因，请问如何确定它的启动子
+++++++++++++++++++++++因为楼主的专业上面写的是微生物生理类，所以我仅以简单的原核生物为例来回答这个问题。
正如三楼回答的，有许多网站可以预测原核生物的启动子区，注意是区，里面包含了，启动子区的核心要素：-35，-10， 转录起始为点。但是这是经验预测，那么如果你要发文章确认这一段DNA序列，那么你首先确认转录起始位点，一般是引物延伸分析（primer extension analysis），这个位点确认好后，然后再结合生物信息学预测，上推10个，35个BP，一般就OK了。当然，还有一种就是我只要这一段，我不需要具体的位点信息，那么一般是在这个基因的上游，分别取ATG上游100BP， 101-200BP等等，然后将这些片断分别连接到无LAC启动子区的LACZ基因上游（这个LACZ基因是没有本身启动子的，基因的表达就要依赖你连接片断启动子活性的有无），然后通过IPTG诱导，测量半乳糖苷酶的活性来找到这个启动子区。
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4楼2011-06-16 13:14:59
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lyx20041102

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
wickhamhan(金币+1): 2011-06-17 08:38:43
西瓜(金币+3): 鼓励 2011-06-18 10:03:45
我做的是原核生物，ATG前500bp之内一般能有启动子了。
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10楼2011-06-17 02:43:30
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普通回帖

天使托

专家顾问 (职业作家)

T.Shen

【答案】应助回帖

★ ★
wickhamhan(金币+3): 2011-06-16 14:18:32
dhd997(金币+2): 鼓励之，看楼下 2011-06-16 15:00:29
往这个基因前面基因的终止子（TGA）前面扩上100bp,这是保证这个基因能带上启动子最稳妥的方法。。。
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Whenever,Wherever,Anyway!MustRemember:Fight!KeepFighting!NeverGiveUp!
2楼2011-06-16 12:04:12
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yuxia82012

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
wickhamhan(金币+2): 2011-06-16 14:18:41
dhd997(金币+2): 鼓励 2011-06-16 15:00:42
有网址可以预测，但也是预测而已，最好是把这段基因弄下来搞到一个操纵子上游，看其能否启动这个操纵子表达
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在等待中涅槃重生
3楼2011-06-16 12:37:10
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啮风

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
西瓜(金币+3): 有道理 2011-06-16 17:31:52
引用回帖:
Originally posted by 天使托 at 2011-06-16 12:04:12:
往这个基因前面基因的终止子（TGA）前面扩上100bp,这是保证这个基因能带上启动子最稳妥的方法。。。

这个回答我觉得有点偏颇，因为两个基因之间可能会有较长的Intergenic region，而这里面往往会有一些调控区，包括启动子区，另外如果这两个临近基因是转录方向相反，这个答案也是不适合的
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5楼2011-06-16 13:26:24
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天使托

专家顾问 (职业作家)

T.Shen
引用回帖:
Originally posted by 啮风 at 2011-06-16 13:26:24:
这个回答我觉得有点偏颇，因为两个基因之间可能会有较长的Intergenic region，而这里面往往会有一些调控区，包括启动子区，另外如果这两个临近基因是转录方向相反，这个答案也是不适合的

多谢指正，这个确实有些不够准确。。。要视具体情况而定的。。。但是一般情况下是往相同方向前面的那个基因终止子前100bp就可以了。。。

您所说的基因往前100bp或者200bp，其实也不一定这样子的。
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Whenever,Wherever,Anyway!MustRemember:Fight!KeepFighting!NeverGiveUp!
6楼2011-06-16 13:35:30
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啮风

铜虫 (小有名气)
★ ★
dhd997(金币+2): 很活跃，鼓励之 2011-06-16 15:15:26
引用回帖:
Originally posted by 天使托 at 2011-06-16 13:35:30:
多谢指正，这个确实有些不够准确。。。要视具体情况而定的。。。但是一般情况下是往相同方向前面的那个基因终止子前100bp就可以了。。。

您所说的基因往前100bp或者200bp，其实也不一定这样子的。

恩，其实这个启动子区讨论起来蛮复杂的，特别是如果两个基因是相同方向，很可能组成一个转录单元，所以还是要具体分析
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7楼2011-06-16 13:46:03
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terry130

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西瓜(金币+3): 很活跃啊！一般2000bp也ok了，3000bp保险点。 2011-06-16 17:33:01
wickhamhan(金币+2): 2011-06-17 08:38:33
启动子元件一般都分布在第一个外显子上游3000bp以内，也就是5‘ flanking sequence。既然全基因组序列已知，那么调出3000bp的5’flanking sequence然后去用软件查一下CPG ISLAND，也可以用一些专业的promoter prediction软件来分析气启动子元件。这些软件google一下就有，protocol online上也有，很多都是免费的在线版。
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摒气动方息，宁神心自明。
8楼2011-06-16 16:45:12
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xtcao668

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

wickhamhan(金币+1): 2011-06-17 08:38:57
一般是软件预测，可以克隆了预测的启动子去验证。
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生活的理想就是理想的生活
9楼2011-06-16 23:14:17
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