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sichuanemily超级版主
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[求助]
gromacs 中define 讨论 急急急
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各位虫友，我有两个问题，很棘手的问题想请大家帮帮忙啊 问题一： 我需要做蛋白的分布能量优化，在gromacs 中，我做em 时，想先固定主链，再固定a 碳，再全部放开，于是就要用到define = dposre 可我一用这个时，运行几步就会报错：错误如下： Stepsize too small (9.44784e-07 nm)Converged to machine precision, but not to the requested precision (1000) You might need to increase your constraint accuracy, or turn off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file) 可我mdp 中constraints = none 是已经设定好的了啊 还有就是我如果不分布优化，直接用define = dflex_spc 就没有任何问题 不知是什么原因啊？我谢谢大家啦！ 问题二： 我先用sybyl 做了一下能量优化 ，还是先固定主链，再固定a 碳，再全部放开 ，可是做完后，在gromacs 中做动力学优化时，em 就只做了个define = dflex_spc ，没有任何问题，可做pr 时，就报错终止了，内容如下： Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: max 42183.800781 (between atoms 3429 and 3430) rms 993.794983 bonds that rotated more than 180 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length Constraint error in algorithm Lincs at step 0 step 0 p0_30415: p4_error: interrupt SIGSEGV: 11 p2_29946: p4_error: interrupt SIGSEGV: 11 p2_29946: (39.158356) net_send: could not write to fd=5, errno = 32 mpiexec: Warning: main: task 0 exited with status 1. mpiexec: Warning: main: task 1 exited with status 1. 这些天文我都看不懂啊，请大家帮忙解释一下，找找原因啊？谢谢大家了！ |
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