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sichuanemily

木虫 (正式写手)

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[求助] gromacs 中define 讨论急急急

各位虫友，我有两个问题，很棘手的问题想请大家帮帮忙啊

问题一：
      我需要做蛋白的分布能量优化，在gromacs 中，我做em 时，想先固定主链，再固定a 碳，再全部放开，于是就要用到define = dposre

可我一用这个时，运行几步就会报错：错误如下：
Stepsize too small (9.44784e-07 nm)Converged to machine precision,
but not to the requested precision (1000)
You might need to increase your constraint accuracy, or turn
off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file)

可我mdp 中constraints = none 是已经设定好的了啊

还有就是我如果不分布优化，直接用define = dflex_spc 就没有任何问题
不知是什么原因啊？我谢谢大家啦！

问题二：

   我先用sybyl 做了一下能量优化，还是先固定主链，再固定a 碳，再全部放开，可是做完后，在gromacs 中做动力学优化时，em 就只做了个define = dflex_spc ，没有任何问题，可做pr 时，就报错终止了，内容如下：

Step 0, time 0 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
max 42183.800781 (between atoms 3429 and 3430) rms 993.794983
bonds that rotated more than 180 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
Constraint error in algorithm Lincs at step 0

step 0
p0_30415:  p4_error: interrupt SIGSEGV: 11
p2_29946:  p4_error: interrupt SIGSEGV: 11
p2_29946: (39.158356) net_send: could not write to fd=5, errno = 32
mpiexec: Warning: main: task 0 exited with status 1.
mpiexec: Warning: main: task 1 exited with status 1.

这些天文我都看不懂啊，请大家帮忙解释一下，找找原因啊？谢谢大家了！

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