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mamafanfan

铁虫 (小有名气)

[求助] 新手,请高手帮忙,计算小分子中某个碳原子上的电子云密度

新手,请高手帮忙,计算小分子中某个碳原子上的电子云密度

做实验遇到问题,没办法直接解释

比如计算下面图上两个氧之间亚甲基碳上的电子云密度

或者跟电负性 还原电势等

谢谢
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kaegi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

mamafanfan(金币+3): 谢谢 2011-05-26 20:50:08
mamafanfan(金币+50): thx 2011-05-26 21:16:31
引用回帖:
Originally posted by mamafanfan at 2011-05-26 17:38:09:
新手,请高手帮忙,计算小分子中某个碳原子上的电子云密度

做实验遇到问题,没办法直接解释

比如计算下面图上两个氧之间亚甲基碳上的电子云密度

或者跟电负性 还原电势等

谢谢
[eimg]71/26/51737_130 ...

电子云密度不知道怎么计算,但电荷量就可以。首先电荷的表示有好几种,最普通的是Mulliken电荷。在一般的优化过程中可以得到,用高斯view打开你的输出文件,在result→charge distribution中,勾选上show number就可看到每个原子所带Mulliken电荷。NBO电荷需要用pop=nbo命令行进计算可以得到,查看方法同上,只是type选NBO就可以了。

不过电荷的计算只有相对大小有意义,只看单个分子的电荷我觉得可能说明不了什么问题,除了这个原子本身是带正电还是负电外。

另请高手解答
4楼2011-05-26 20:40:20
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kaegi

金虫 (小有名气)

看在50个金币的份上我还是来讲吧,感觉要讲好久,先占一楼
7楼2011-05-26 20:56:20
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kaegi

金虫 (小有名气)

首先要构建一个分子的结构。方法有很多,我就按我平常用的方法来讲吧。用高斯view画你想要的分子,具体的选项选下图所示两个图标。里面有不少现成的结构可以选,你选个接近的,然后用第一个按键选项,修改掉不需要的原子即可。注意图中显示的键型并不重要。
8楼2011-05-26 21:00:45
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kaegi

金虫 (小有名气)

于是你得到了这样一个分子

9楼2011-05-26 21:01:27
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kaegi

金虫 (小有名气)

然后保存文件,类型选gif或者com,都行。用一个文本编辑器打开你的这个保存得到的文件,按高斯程序规定的格式进行修改,我做好一个,放在下面。这是一个用hf方法,6-31G(D)基组做的结构优化和频率计算的文件。等这个文件算完之后,你就可以按我第一帖中所说的方法查看mulliken电荷了。
10楼2011-05-26 21:05:04
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kaegi

金虫 (小有名气)

用高斯view打开刚才文件计算所得的输出文件(如果你是windows系统下计算的话应该是一个out类型的文件)。在把最后结果保存出来,就跟你第一次保存所画的结构一样,然后参考1.com文件的模式,把opt freq删除,改为nbo=pop,保存,计算。再用高斯view打开这个文件,就可以查看对应的nbo电荷了。
11楼2011-05-26 21:12:47
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kaegi

金虫 (小有名气)

哎,我感觉楼主看了这个可能还是不太会。如果会用高斯的话就好说得多了。中间可能有漏洞的话,请其它高手解答。
13楼2011-05-26 21:14:33
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kaegi

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by mamafanfan at 2011-05-26 21:14:04:


谢谢

还有个问题

amd X3 445 主频3.1GHz

内存3.25G

计算一个这个大概要多长时间啊

谢谢

那应该会很快很快的
14楼2011-05-26 21:15:10
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