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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 怎样设置柔性残基？
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lily_llf

新虫 (小有名气)

[求助] 怎样设置柔性残基？

请教各位牛人：
   在用AutoDock进行分子对接时，将蛋白质的哪些残基设置成柔性的，依据是什么呢？又将柔性残基中的哪些可旋转键定义为不可旋转的呢？
    有时候又为什么要将配体小分子的某些可旋转键定义为不可旋转的？设置时的依据是什么？
   
   感激万分！

[ Last edited by ghcacj on 2011-5-21 at 17:15 ]
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1楼 2011-05-19 20:38:10
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-05-19 20:38:10:
请教各位牛人：
   在用AutoDock进行分子对接时，将蛋白质的哪些残基设置成柔性的，依据是什么呢？又将柔性残基中的哪些可旋转键定义为不可旋转的呢？
    有时候又为什么要将配体小分子的某些可旋转键定义为不 ...

你发错了板块。。。
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好好学习，天天向上。
2楼2011-05-19 23:44:17
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lily_llf(金币+1): 2011-05-20 08:28:12
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-05-21 17:14:54
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-05-19 20:38:10:
请教各位牛人：
   在用AutoDock进行分子对接时，将蛋白质的哪些残基设置成柔性的，依据是什么呢？又将柔性残基中的哪些可旋转键定义为不可旋转的呢？
    有时候又为什么要将配体小分子的某些可旋转键定义为不 ...

依据是文献报道，如果有相似的酶的活性位点的报道的话，你可以参照一下，需要说明的是AD4的柔性对接效果不是特别好，把配体小分子的某些可旋转键定位成不可旋转可能有两方面的考虑：1，节省计算时间2，如果文献报道中有表明配体的一部分结构相对刚性，可能需要保证这一部分的结构比较固定
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-05-20 07:52:04
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lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-05-20 07:52:04:
依据是文献报道，如果有相似的酶的活性位点的报道的话，你可以参照一下，需要说明的是AD4的柔性对接效果不是特别好，把配体小分子的某些可旋转键定位成不可旋转可能有两方面的考虑：1，节省计算时间2，如果文献 ...

再次感谢啊！
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4楼2011-05-20 08:29:40
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lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-05-19 23:44:17:
你发错了板块。。。

呃，不好意思！
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5楼2011-05-20 08:38:44
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
赞一下 回复此楼
故地如重游月圆更寂寞
6楼2011-09-05 19:19:28
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)
zh1987hs: 编辑内容 2012-04-03 09:47
发言屏蔽

[ Last edited by zh1987hs on 2012-4-3 at 09:47 ]
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7楼2012-04-02 19:12:05
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