应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 怎样设置柔性残基？
51/1返回列表
查看: 2331  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lily_llf

新虫 (小有名气)

[求助] 怎样设置柔性残基？

请教各位牛人：
   在用AutoDock进行分子对接时，将蛋白质的哪些残基设置成柔性的，依据是什么呢？又将柔性残基中的哪些可旋转键定义为不可旋转的呢？
    有时候又为什么要将配体小分子的某些可旋转键定义为不可旋转的？设置时的依据是什么？
   
   感激万分！

[ Last edited by ghcacj on 2011-5-21 at 17:15 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-05-19 20:38:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lily_llf(金币+1): 2011-05-20 08:28:12
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-05-21 17:14:54
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-05-19 20:38:10:
请教各位牛人：
   在用AutoDock进行分子对接时，将蛋白质的哪些残基设置成柔性的，依据是什么呢？又将柔性残基中的哪些可旋转键定义为不可旋转的呢？
    有时候又为什么要将配体小分子的某些可旋转键定义为不 ...

依据是文献报道，如果有相似的酶的活性位点的报道的话，你可以参照一下，需要说明的是AD4的柔性对接效果不是特别好，把配体小分子的某些可旋转键定位成不可旋转可能有两方面的考虑：1，节省计算时间2，如果文献报道中有表明配体的一部分结构相对刚性，可能需要保证这一部分的结构比较固定
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-05-20 07:52:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-05-19 20:38:10:
请教各位牛人：
   在用AutoDock进行分子对接时，将蛋白质的哪些残基设置成柔性的，依据是什么呢？又将柔性残基中的哪些可旋转键定义为不可旋转的呢？
    有时候又为什么要将配体小分子的某些可旋转键定义为不 ...

你发错了板块。。。
回复此楼
好好学习，天天向上。
2楼2011-05-19 23:44:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-05-20 07:52:04:
依据是文献报道，如果有相似的酶的活性位点的报道的话，你可以参照一下，需要说明的是AD4的柔性对接效果不是特别好，把配体小分子的某些可旋转键定位成不可旋转可能有两方面的考虑：1，节省计算时间2，如果文献 ...

再次感谢啊！
回复此楼
4楼2011-05-20 08:29:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-05-19 23:44:17:
你发错了板块。。。

呃，不好意思！
回复此楼
5楼2011-05-20 08:38:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭