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aquariusy木虫 (小有名气)
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[求助]
NAMD的能量最小化
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看了一下，好像NAMD的能量最小化方法不是最速下降法或者共轭梯度法，请问NAMd用的是什么方法？ 另外，最小化运算后，怎么做一个图表示体系能量逐渐下降？要从log文件提取出来吗？具体怎么操作？NAMDplot里面有好多，VWD、ELEC、ANGLE、TOTAL等等，有谁能解释一下该看哪一项？是不是看TOTAL那个总能量就可以了？ |
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