24小时热门版块排行榜    

查看: 2333  |  回复: 5

bjwang

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 请问:如何l利用xcrysden画电荷密度

我是才学这个作图软件,问一个低级的问题,如何做电荷密度图???我看有个网页(http://web.mit.edu/xcrysden_v1.4.1/www/XCRYSDEN/doc/menus.html )上说是从“properties”进去,选里面的电荷密度项,但我安装的程序上的按钮“properties”是灰色的(必须安装CRYSTAL GUI?);看官方网站上介绍说是从DataGrid进去(http://www.xcrysden.org/doc/density.html ),但我画的好像只是结构图,即使设置了Isosurface参数,好像也不能和文献一样,我是重复文献。
附:我画的18个na原子团簇的基态电荷密度图(看着怪怪的),

而文献的图(可能用opendx作):
  
这两者差别也太大了,哪位同学帮忙看一下问题出在哪?是我的方法的问题?还是我的数据问题?作密度图必须安装CRYSTAL GUI吗?谢谢了!!!

附件是我的原始数据文件。

[ Last edited by bjwang on 2011-4-28 at 14:28 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘贴专辑推荐

第一性原理 科研工具 光催化专辑 超电+锂电

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

It is a shame for the soul to be first to give way in this life,when thy body does not give way.
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

quantumfang

至尊木虫 (著名写手)

小木虫中医研究院院长

【答案】应助回帖


bjwang(金币+5): 谢谢兄弟热情回帖,写的非常详细。其实我的数据是*.xsf文件,得到结构图没问题,下面操作和你说的完全一样,得到的就是前面的图。 2011-04-29 10:06:03
zsl_321123(金币+1): 感谢建议 2011-04-29 10:19:13
bjwang(金币+5): 再次感谢! 2011-05-07 10:54:52
1.在计算工作目录下用v2xsf将CHGCAR转为CHGCAR.xsf.gz
2.在xcrysden中打开CHGCAR.xsf.gz文件,得到结构图
3.Tools->Data Grid->
   菜单出来后,有一个地方可以改写数字参数,可以不改,点击OK
4.新窗口Isosurface controlling window弹出后,在菜单中,有一个数字框isovalue需要填写,填写0.~1之间的数字,点击submit看效果再次修改此数字。

可参考: http://www.xcrysden.org/doc/isocontrol.html

主要步骤是这一些,还可以进行精细调节
2楼2011-04-29 09:48:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bjwang

铁杆木虫 (正式写手)

非常感激前面同学的回复!我的数据输出就是xsf格式的,操作同上面同学说的完全一样,为什么我的图不是每个原子附近的电荷密度分布基本对称相同(同下图),是我的操作有误还是数据有误?哪位同学下载那个数据试验一下,麻烦大家了,谢谢了!!!
It is a shame for the soul to be first to give way in this life,when thy body does not give way.
3楼2011-04-29 10:13:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

quantumfang

至尊木虫 (著名写手)

小木虫中医研究院院长

你提供的density-sp1.xsf文件无法正常打开
不知什么问题
ERROR:An Error occured, while reading XSF file ....

所以还是你把所有输出文件发过来试做一下,如果不是太大的话
4楼2011-04-29 13:30:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bjwang

铁杆木虫 (正式写手)

可能我的附件上传的有问题,比较大,我上传到网盘了:http://g.zhubajie.com/urllink.php?id=11089985qbcwy5c1caly56m6 ,哪位同学再帮我看看,谢谢!!!
It is a shame for the soul to be first to give way in this life,when thy body does not give way.
5楼2011-05-08 16:48:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sg18408926

至尊木虫 (著名写手)

不错,也在学
6楼2011-05-08 18:33:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bjwang 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 最新消息:2024国自然下载文件名变了 +9 dream200606 2024-06-16 12/600 2024-06-17 00:34 by kobe0107
[找工作] 江西双非一本和四川双一流高校如何选择? 5+8 寒山敲钟 2024-06-12 25/1250 2024-06-16 22:05 by zhaojiang427
[教师之家] 饶议:什么制度能保障大学普通教师不用为领导拎包,不用看领导脸色 +9 zju2000 2024-06-12 15/750 2024-06-16 20:45 by 北溟鱼1318
[基金申请] 面青地会评时间 +6 tanjydd 2024-06-15 6/300 2024-06-16 15:42 by 我是王小帅
[论文投稿] 编辑是什么意思 15+3 s090604054 2024-06-15 3/150 2024-06-16 10:29 by bobvan
[论文投稿] 二审返修送审10天了,原来一审的3个审稿人只有2个接受了审稿,会邀请新审稿人么? 50+3 huanpo116 2024-06-15 5/250 2024-06-16 10:27 by bobvan
[论文投稿] 投稿被一个审稿人恶意评审了怎么样? +5 1chen 2024-06-14 7/350 2024-06-15 23:15 by xy66xy
[基金申请] 博后面上今天有bug可以看到是否资助? +20 lyfbangong 2024-06-12 31/1550 2024-06-15 21:18 by since—2010
[基金申请] BO4的YQ答辩通知发布了吗? +6 博学笃行 2024-06-11 6/300 2024-06-15 16:04 by 悲催科研狗
[论文投稿] 投稿时忘记修改一作 +7 gll123456 2024-06-13 11/550 2024-06-15 11:49 by gll123456
[基金申请] 博后基金,以往的结果点不开,怎么回事呢?最后一次机会了,两次都没中前面。 +7 kyukitu 2024-06-14 13/650 2024-06-15 06:46 by 我是王小帅
[论文投稿] 投了一篇4区的SCI,审稿人一个拒稿,一个小修,编辑给了大修。 +9 安稳22123 2024-06-13 10/500 2024-06-14 23:45 by jurkat.1640
[考博] 申博找导师 +4 疏影横斜水清浅3 2024-06-13 6/300 2024-06-14 14:31 by zxl_1105
[论文投稿] 投稿kbs被拒后,系统提供的推荐的其他期刊有用吗? +3 chenrui2015 2024-06-10 3/150 2024-06-14 10:30 by Tr.sjx1997
[论文投稿] 最近写了一篇控制优化领域的文章,可以投哪里啊?有没有水一些的期刊推荐 +7 香瓜木香 2024-06-12 13/650 2024-06-14 07:05 by 香瓜木香
[基金申请] 博士后面上项目状态还是专家评审吗 10+9 Thatcheremu 2024-06-13 55/2750 2024-06-13 21:23 by 乌合麒麟
[有机交流] 原料反应完了,怎么知道是产物还是中间体 +6 小胡在努力 2024-06-11 8/400 2024-06-13 13:33 by 091602
[硕博家园] 考博应该从哪里开始准备 +6 亮姐2019 2024-06-11 8/400 2024-06-13 12:53 by 帕秋莉GO
[基金申请] 博后特助这周出结果吗?往年都是啥时候啊? +13 jsqy 2024-06-12 17/850 2024-06-12 19:55 by Lynn212
[硕博家园] 申博 +3 悦悦小小鱼 2024-06-12 3/150 2024-06-12 15:11 by chen5805
信息提示
请填处理意见