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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » 请问：如何l利用xcrysden画电荷密度
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bjwang

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 请问：如何l利用xcrysden画电荷密度

我是才学这个作图软件，问一个低级的问题，如何做电荷密度图？？？我看有个网页（http://web.mit.edu/xcrysden_v1.4.1/www/XCRYSDEN/doc/menus.html ）上说是从“properties”进去，选里面的电荷密度项，但我安装的程序上的按钮“properties”是灰色的（必须安装CRYSTAL GUI？）；看官方网站上介绍说是从DataGrid进去（http://www.xcrysden.org/doc/density.html ），但我画的好像只是结构图，即使设置了Isosurface参数，好像也不能和文献一样，我是重复文献。
附：我画的18个na原子团簇的基态电荷密度图（看着怪怪的），

而文献的图（可能用opendx作）：
  
这两者差别也太大了，哪位同学帮忙看一下问题出在哪？是我的方法的问题？还是我的数据问题？作密度图必须安装CRYSTAL GUI吗？谢谢了！！！

附件是我的原始数据文件。

[ Last edited by bjwang on 2011-4-28 at 14:28 ]
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1楼 2011-04-28 13:06:26
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quantumfang

至尊木虫 (职业作家)

小木虫中医研究院院长
你提供的density-sp1.xsf文件无法正常打开
不知什么问题
ERROR:An Error occured, while reading XSF file ....

所以还是你把所有输出文件发过来试做一下，如果不是太大的话
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4楼2011-04-29 13:30:39
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quantumfang

至尊木虫 (职业作家)

小木虫中医研究院院长

【答案】应助回帖

★
bjwang(金币+5): 谢谢兄弟热情回帖，写的非常详细。其实我的数据是*.xsf文件，得到结构图没问题，下面操作和你说的完全一样，得到的就是前面的图。 2011-04-29 10:06:03
zsl_321123(金币+1): 感谢建议 2011-04-29 10:19:13
bjwang(金币+5): 再次感谢！ 2011-05-07 10:54:52
1.在计算工作目录下用v2xsf将CHGCAR转为CHGCAR.xsf.gz
2.在xcrysden中打开CHGCAR.xsf.gz文件，得到结构图
3.Tools->Data Grid->
   菜单出来后，有一个地方可以改写数字参数，可以不改，点击OK
4.新窗口Isosurface controlling window弹出后，在菜单中，有一个数字框isovalue需要填写，填写0.～1之间的数字，点击submit看效果再次修改此数字。

可参考： http://www.xcrysden.org/doc/isocontrol.html

主要步骤是这一些，还可以进行精细调节
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2楼2011-04-29 09:48:08
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bjwang

铁杆木虫 (正式写手)
非常感激前面同学的回复！我的数据输出就是xsf格式的，操作同上面同学说的完全一样，为什么我的图不是每个原子附近的电荷密度分布基本对称相同（同下图），是我的操作有误还是数据有误？哪位同学下载那个数据试验一下，麻烦大家了，谢谢了！！！
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It is a shame for the soul to be first to give way in this life,when thy body does not give way.
3楼2011-04-29 10:13:53
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