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bjwang

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 请问:如何l利用xcrysden画电荷密度

我是才学这个作图软件,问一个低级的问题,如何做电荷密度图???我看有个网页(http://web.mit.edu/xcrysden_v1.4.1/www/XCRYSDEN/doc/menus.html )上说是从“properties”进去,选里面的电荷密度项,但我安装的程序上的按钮“properties”是灰色的(必须安装CRYSTAL GUI?);看官方网站上介绍说是从DataGrid进去(http://www.xcrysden.org/doc/density.html ),但我画的好像只是结构图,即使设置了Isosurface参数,好像也不能和文献一样,我是重复文献。
附:我画的18个na原子团簇的基态电荷密度图(看着怪怪的),

而文献的图(可能用opendx作):
  
这两者差别也太大了,哪位同学帮忙看一下问题出在哪?是我的方法的问题?还是我的数据问题?作密度图必须安装CRYSTAL GUI吗?谢谢了!!!

附件是我的原始数据文件。

[ Last edited by bjwang on 2011-4-28 at 14:28 ]
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It is a shame for the soul to be first to give way in this life,when thy body does not give way.
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bjwang

铁杆木虫 (正式写手)

非常感激前面同学的回复!我的数据输出就是xsf格式的,操作同上面同学说的完全一样,为什么我的图不是每个原子附近的电荷密度分布基本对称相同(同下图),是我的操作有误还是数据有误?哪位同学下载那个数据试验一下,麻烦大家了,谢谢了!!!
It is a shame for the soul to be first to give way in this life,when thy body does not give way.
3楼2011-04-29 10:13:53
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查看全部 6 个回答

quantumfang

至尊木虫 (职业作家)

小木虫中医研究院院长

【答案】应助回帖


bjwang(金币+5): 谢谢兄弟热情回帖,写的非常详细。其实我的数据是*.xsf文件,得到结构图没问题,下面操作和你说的完全一样,得到的就是前面的图。 2011-04-29 10:06:03
zsl_321123(金币+1): 感谢建议 2011-04-29 10:19:13
bjwang(金币+5): 再次感谢! 2011-05-07 10:54:52
1.在计算工作目录下用v2xsf将CHGCAR转为CHGCAR.xsf.gz
2.在xcrysden中打开CHGCAR.xsf.gz文件,得到结构图
3.Tools->Data Grid->
   菜单出来后,有一个地方可以改写数字参数,可以不改,点击OK
4.新窗口Isosurface controlling window弹出后,在菜单中,有一个数字框isovalue需要填写,填写0.~1之间的数字,点击submit看效果再次修改此数字。

可参考: http://www.xcrysden.org/doc/isocontrol.html

主要步骤是这一些,还可以进行精细调节
2楼2011-04-29 09:48:08
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quantumfang

至尊木虫 (职业作家)

小木虫中医研究院院长

你提供的density-sp1.xsf文件无法正常打开
不知什么问题
ERROR:An Error occured, while reading XSF file ....

所以还是你把所有输出文件发过来试做一下,如果不是太大的话
4楼2011-04-29 13:30:39
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