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童心

木虫 (正式写手)

[求助] DS中如何提高药效团的null cost

我用DS中的3D qSAR 药效团，就是hypogen对16个具有同样骨架结构的化合物构建药效团，基本活性分4个档次（最高/最低=400）,每个档次大约3-5个。选择的HBA，HBD，Hydrophobic aromatic, hydrophobic aliphatic，构建药效团，尝试过Excluded volume 设置2或5，但是结果里面每个药效团的total cost都在70左右，而null cost也差不多，根本达不到config difference 》60 bits，不过correlation和config都还好，基本0,9和小于17了。我不知道该如何能提高null cost，而且我看别人文献报道药效团的total cost也接近100，感觉我的还是比较低的。我的活性不够4个数量级引起的吗？求指教！
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1楼 2011-04-25 20:50:25
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BME_LIU

铜虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-20 21:58:32
这，NULL cost和你的训练集有关系，同样的训练集值是固定的，指构建一个能满足所有训练集的特征元素所需要的成本。希望对你有用
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4楼2014-02-20 21:45:19
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童心

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+6): 谢谢，欢迎提供解决方案！ 2011-05-16 21:38:17
经过我多次计算，我发现还并不单单是活性数量级的问题，关键还是结构的多样性，比较合适的是相类似的结构不要超过3个，然后整个训练集里面按类似结构分类至少有5类比较好，这样比较容易得到好的结果，而且对应的活性梯度问题也得到了解决。因此为了达到这个效果，需要对训练集进行多次调整计算。
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2楼2011-05-16 21:31:57
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
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故地如重游月圆更寂寞
3楼2011-09-05 19:19:57
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