24小时热门版块排行榜    

查看: 1239  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

童心

木虫 (正式写手)

[求助] DS中如何提高药效团的null cost

我用DS中的3D qSAR 药效团,就是hypogen对16个具有同样骨架结构的化合物构建药效团,基本活性分4个档次(最高/最低=400),每个档次大约3-5个。选择的HBA,HBD,Hydrophobic aromatic, hydrophobic aliphatic,构建药效团,尝试过Excluded volume 设置2或5,但是结果里面每个药效团的total cost都在70左右,而null cost也差不多,根本达不到config difference 》60 bits,不过correlation和config都还好,基本0,9和小于17了。我不知道该如何能提高null cost,而且我看别人文献报道药效团的total cost也接近100,感觉我的还是比较低的。我的活性不够4个数量级引起的吗?求指教!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Discovery Studio 常见问题及使用教程

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)

帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《Discovery Studio 常见问题及使用教程
故地如重游月圆更寂寞
3楼2011-09-05 19:19:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

童心

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+6): 谢谢,欢迎提供解决方案! 2011-05-16 21:38:17
经过我多次计算,我发现还并不单单是活性数量级的问题,关键还是结构的多样性,比较合适的是相类似的结构不要超过3个,然后整个训练集里面按类似结构分类至少有5类比较好,这样比较容易得到好的结果,而且对应的活性梯度问题也得到了解决。因此为了达到这个效果,需要对训练集进行多次调整计算。
2楼2011-05-16 21:31:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

BME_LIU

铜虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-20 21:58:32
这,NULL cost和你的训练集有关系,同样的训练集值是固定的,指构建一个能满足所有训练集的特征元素所需要的成本。希望对你有用
4楼2014-02-20 21:45:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-28 11:48 by winsaint
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +7 苏东坡二世 2026-08-23 7/350 2026-08-27 18:14 by 瞬息宇宙
[基金申请] 基金不中,共勉 +10 eulota 2026-08-26 10/500 2026-08-27 17:23 by lqllinqiaoli
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 系统查不到 +10 董八千 2026-08-26 10/500 2026-08-26 16:30 by Equinoxhua
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
信息提示
请填处理意见