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ccwhhs

铜虫 (正式写手)

[求助] 请教用dmol跑团簇的分子动力学,如何分析稳定性

用dmol3跑一个团簇的分子动力学，用NVT系综，300K，如果经过几PS时间，团簇结构变形，那么该团簇稳定吗？
或者说初始结构能够保持几PS时间能说明它在常温下稳定？

[ Last edited by ccwhhs on 2011-4-24 at 07:23 ]
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1楼 2011-04-23 12:10:51
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ccwhhs

铜虫 (正式写手)
请大家帮帮忙！谢谢！！！
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2楼2011-04-24 08:08:18
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zsl_321123

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-08-01 10:10:04
ccwhhs(金币+30): 谢谢！！！参数已经帖出，希望继续关注。 2011-08-01 11:55:25
ccwhhs(金币+20): 谢谢！！！ 2011-08-03 06:33:35
your cluster is thermally unstable，


另外，不知道是否跟你的设置有关系。可以把你的详细设置列出来，让大家帮你分析分析。例如你用NVT，那么热浴的选择等。。。。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

ccwhhs
宁愿骑着自行车笑，不愿坐着宝马哭。。。。。
3楼2011-08-01 09:57:30
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ccwhhs

铜虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by zsl_321123 at 2011-08-01 09:57:30:
your cluster is thermally unstable，


另外，不知道是否跟你的设置有关系。可以把你的详细设置列出来，让大家帮你分析分析。例如你用NVT，那么热浴的选择等。。。。

以下是设置的参数，不知设置正确不？
# Task parameters
Calculate                     molecular_dynamics
Write_HIS_File         on
Write_ARC_File         on
MD_Velocity            random
MD_Time_Step        0.5000
MD_Simann_panel
   10000      NVT_NH     300.0000   2.0000
#

# Electronic parameters
Spin_polarization             unrestricted
Charge                        0
Basis                         dnp
Dftd                          obs
Pseudopotential               none
Functional                    gga(p91)
Aux_density                   octupole
Integration_grid              fine
Occupation                    thermal 0.0050
Cutoff_Global                 5.4000 angstrom
Scf_density_convergence       1.0000e-006
Scf_charge_mixing             0.2000
Scf_spin_mixing               0.5000
Scf_iterations                1000
Scf_diis                      6 pulay
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4楼2011-08-01 11:53:39
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theallz

金虫 (小有名气)
多大的团簇？

如果能稳定ps级别，基本可以认为其稳定存在了。
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5楼2011-08-23 15:03:34
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李佳佳佳

金虫 (正式写手)

Alice

引用回帖:
5楼: Originally posted by theallz at 2011-08-23 15:03:34:
多大的团簇？

如果能稳定ps级别，基本可以认为其稳定存在了。

你好 ，是指在室温内保持PS级别就可以说明其稳定了吗？
赞一下 回复此楼
停不下的马蹄，滴答滴答~
6楼2012-03-05 10:59:50
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xiaoboy185

金虫 (正式写手)
室温下保持稳定是基本的
一般来讲都应该在较高温度下跑下动力学再看看稳定性
结构变化不大就行
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7楼2012-03-05 12:54:00
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木木__Chen

铜虫 (小有名气)
楼主你好，我刚开始用DMol跑团簇分子动力学模拟，可以交流一下吗
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8楼2017-11-02 14:48:11
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