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xiaoboy185金虫 (正式写手)
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【求助】dmol跑动力学 已有5人参与
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用dmol跑动力学，设定在1000k下跑5000步，但是跑了不到500步就出错了： Error: Instability in the thermostat. Please restart the simulation with current geometry. This will reset the thermostat. 这个时候，最后的构型和初始的还没有啥太大的差异，那么是不是应该在最后这个 构型的基础上继续跑完那剩下的4500步呢？ 还是说这就表明这个结构不稳定？ |
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2楼2010-07-01 10:43:04
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6楼2010-07-02 08:12:45
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热浴的选择会导致很多不确定因素。很多热浴都是为了控制温度而选择的非物理的方法，比如速度标定，比如Berdsen等等。有些方法不能很好的控制温度，这样会导致体系结构最终不是确定温度下的结构。分子动力学的目的也是目标之一，就是要正确采样，这是统计物理的基础。如果温度没有控制好，根本谈不上正确采样。很多情况下，热浴非物理，也无法真正采样。 Noose-Hoover (N-P)是目前相对来说采样和控温都较好的手段，所以官方采用，其温度性也不错。此外，还有Langevin这类随机采样的方法。相对来说，随机方法更符合物理实质，但是模拟时间相对要求较长。因此，不稳定很多是由于热浴不正确，也就是说温度控制不好导致的。选择正确的参数，采样NP或者Langevin，是比较理想的手段。 |
8楼2012-04-29 15:12:00
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