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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】dmol跑动力学
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xiaoboy185

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】dmol跑动力学 已有5人参与

用dmol跑动力学，设定在1000k下跑5000步，但是跑了不到500步就出错了：


Error: Instability in the thermostat.
Please restart the simulation with current geometry.
This will reset the thermostat.


这个时候，最后的构型和初始的还没有啥太大的差异，那么是不是应该在最后这个
构型的基础上继续跑完那剩下的4500步呢？

还是说这就表明这个结构不稳定？
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1楼 2010-07-01 09:41:41
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akashia

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我也遇到了和你相同的问题，提示也是这样，NVT模拟，希望有知道的朋友能告知一下是何原因，又该怎么处理，不胜感激。
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悄然回首，已不知春秋。
2楼2010-07-01 10:43:04
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xiaoboy185

金虫 (正式写手)
那就必须顶起来了
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3楼2010-07-01 12:06:06
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youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)

有志者

优秀版主优秀版主
同问 希望有人认真回答
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微博http://weibo.com/10986069
4楼2010-07-01 14:21:12
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xiaoboy185

金虫 (正式写手)
★ ★
lvjian8596(金币+2):感谢交流！自己解决了，希望和大家分享经验！ 2010-07-01 21:28:39
我感觉是热浴的影响，我之前是默认的热浴，好像是mass....
现在改成了N-T chain的热浴，一直跑了1000步了   暂时没出错
待续......
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5楼2010-07-01 21:19:22
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akashia

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xiaoboy185 at 2010-07-01 21:19:22:
我感觉是热浴的影响，我之前是默认的热浴，好像是mass....
现在改成了N-T chain的热浴，一直跑了1000步了   暂时没出错
待续......

请问一下热浴的选择有什么条件吗？看了些资料依然不甚明白。
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悄然回首，已不知春秋。
6楼2010-07-02 08:12:45
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lq6865387

木虫 (著名写手)

有志成年
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我今天算完，也是这个显示这个结果，顶起来。。。求解释！！！
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Better Late Than Never
7楼2012-04-29 09:45:36
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
热浴的选择会导致很多不确定因素。很多热浴都是为了控制温度而选择的非物理的方法，比如速度标定，比如Berdsen等等。有些方法不能很好的控制温度，这样会导致体系结构最终不是确定温度下的结构。分子动力学的目的也是目标之一，就是要正确采样，这是统计物理的基础。如果温度没有控制好，根本谈不上正确采样。很多情况下，热浴非物理，也无法真正采样。
Noose-Hoover (N-P)是目前相对来说采样和控温都较好的手段，所以官方采用，其温度性也不错。此外，还有Langevin这类随机采样的方法。相对来说，随机方法更符合物理实质，但是模拟时间相对要求较长。因此，不稳定很多是由于热浴不正确，也就是说温度控制不好导致的。选择正确的参数，采样NP或者Langevin，是比较理想的手段。
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8楼2012-04-29 15:12:00
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