| 查看: 882 | 回复: 7 | |||
xiaoboy185金虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助】dmol跑动力学 已有5人参与
|
|
用dmol跑动力学，设定在1000k下跑5000步，但是跑了不到500步就出错了： Error: Instability in the thermostat. Please restart the simulation with current geometry. This will reset the thermostat. 这个时候，最后的构型和初始的还没有啥太大的差异，那么是不是应该在最后这个 构型的基础上继续跑完那剩下的4500步呢？ 还是说这就表明这个结构不稳定？ |
回复此楼» 猜你喜欢
A期刊撤稿
已经有5人回复
-
临港实验室与上科大联培博士招生1名
已经有8人回复
-
26申博自荐
已经有7人回复
-
想换工作。大多数高校都是 评职称时 认可5年内在原单位取得的成果吗？
已经有4人回复
-
带资进组求博导收留
已经有9人回复
-
求助大佬们，伤口沾上了乙腈
已经有6人回复
-
最近几年招的学生写论文不引自己组发的文章
已经有9人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- CASTEP和dmol3在动力学的区别
已经有9人回复
- 第一原理动力学的系综选择，和各种系综的输入文件Example
已经有13人回复
- DMOL3模块动力学计算分子吸附
已经有5人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- MS分子动力学那个模块能处理断键和成键啊？
已经有9人回复
- 请教用dmol跑团簇的分子动力学,如何分析稳定性
已经有7人回复
- 【求助】MS如何实现水分子与SiO2反应的分子动力学模拟过程（想得到Si-OH键）？
已经有21人回复
- 【求助】有人用Dmol3做过第一性原理分子动力学吗
已经有9人回复
- 【求助】如何利用分子动力学加速DFT计算的收敛
已经有6人回复
akashia
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 318.5
- 散金: 37
- 帖子: 57
- 在线: 8.9小时
- 虫号: 733830
- 注册: 2009-03-28
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2010-07-01 10:43:04
xiaoboy185
金虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 788
- 散金: 248
- 红花: 3
- 帖子: 702
- 在线: 472.3小时
- 虫号: 481831
- 注册: 2007-12-19
- 专业: 函数论
3楼2010-07-01 12:06:06
4楼2010-07-01 14:21:12
xiaoboy185
金虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 788
- 散金: 248
- 红花: 3
- 帖子: 702
- 在线: 472.3小时
- 虫号: 481831
- 注册: 2007-12-19
- 专业: 函数论
5楼2010-07-01 21:19:22
akashia
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 318.5
- 散金: 37
- 帖子: 57
- 在线: 8.9小时
- 虫号: 733830
- 注册: 2009-03-28
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
6楼2010-07-02 08:12:45
lq6865387
木虫 (著名写手)
有志成年
- 应助: 137 (高中生)
- 金币: 3328.5
- 散金: 30
- 红花: 18
- 帖子: 1881
- 在线: 150.2小时
- 虫号: 1534707
- 注册: 2011-12-12
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
7楼2012-04-29 09:45:36
goldenfisher
金虫 (著名写手)
- 1ST强帖: 3
- 应助: 55 (初中生)
- 贵宾: 0.153
- 金币: 5779.1
- 散金: 2908
- 红花: 21
- 帖子: 1552
- 在线: 351.5小时
- 虫号: 117764
- 注册: 2005-11-26
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
热浴的选择会导致很多不确定因素。很多热浴都是为了控制温度而选择的非物理的方法，比如速度标定，比如Berdsen等等。有些方法不能很好的控制温度，这样会导致体系结构最终不是确定温度下的结构。分子动力学的目的也是目标之一，就是要正确采样，这是统计物理的基础。如果温度没有控制好，根本谈不上正确采样。很多情况下，热浴非物理，也无法真正采样。 Noose-Hoover (N-P)是目前相对来说采样和控温都较好的手段，所以官方采用，其温度性也不错。此外，还有Langevin这类随机采样的方法。相对来说，随机方法更符合物理实质，但是模拟时间相对要求较长。因此，不稳定很多是由于热浴不正确，也就是说温度控制不好导致的。选择正确的参数，采样NP或者Langevin，是比较理想的手段。 |
8楼2012-04-29 15:12:00