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汕头大学海洋科学接受调剂
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ccwhhs

铜虫 (正式写手)

[求助] 请教用dmol跑团簇的分子动力学,如何分析稳定性

用dmol3跑一个团簇的分子动力学,用NVT系综,300K,如果经过几PS时间,团簇结构变形,那么该团簇稳定吗?
或者说初始结构能够保持几PS时间能说明它在常温下稳定?

[ Last edited by ccwhhs on 2011-4-24 at 07:23 ]
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zsl_321123

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-08-01 10:10:04
ccwhhs(金币+30): 谢谢!!!参数已经帖出,希望继续关注。 2011-08-01 11:55:25
ccwhhs(金币+20): 谢谢!!! 2011-08-03 06:33:35
your cluster is thermally unstable,


另外,不知道是否跟你的设置有关系。可以把你的详细设置列出来,让大家帮你分析分析。例如你用NVT,那么热浴的选择等。。。。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

宁愿骑着自行车笑,不愿坐着宝马哭。。。。。
3楼2011-08-01 09:57:30
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查看全部 8 个回答

ccwhhs

铜虫 (正式写手)

请大家帮帮忙!谢谢!!!
2楼2011-04-24 08:08:18
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ccwhhs

铜虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by zsl_321123 at 2011-08-01 09:57:30:
your cluster is thermally unstable,


另外,不知道是否跟你的设置有关系。可以把你的详细设置列出来,让大家帮你分析分析。例如你用NVT,那么热浴的选择等。。。。

以下是设置的参数,不知设置正确不
# Task parameters
Calculate                     molecular_dynamics
Write_HIS_File         on
Write_ARC_File         on
MD_Velocity            random
MD_Time_Step        0.5000
MD_Simann_panel
   10000      NVT_NH     300.0000   2.0000
#

# Electronic parameters
Spin_polarization             unrestricted
Charge                        0
Basis                         dnp
Dftd                          obs
Pseudopotential               none
Functional                    gga(p91)
Aux_density                   octupole
Integration_grid              fine
Occupation                    thermal 0.0050
Cutoff_Global                 5.4000 angstrom
Scf_density_convergence       1.0000e-006
Scf_charge_mixing             0.2000
Scf_spin_mixing               0.5000
Scf_iterations                1000
Scf_diis                      6 pulay

4楼2011-08-01 11:53:39
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theallz

金虫 (小有名气)

多大的团簇?

如果能稳定ps级别,基本可以认为其稳定存在了。
5楼2011-08-23 15:03:34
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