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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】关于玻尔兹曼公式
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
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御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-06 12:22:15
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Originally posted by superdirac at 2011-04-05 20:22:27:
呵呵。　

呵呵。给你一个构象，你能把它的自由能算出来吗？呵呵。

关于wikipedia 是 狭隘的，这种说法真的不敢苟同。
　　

[ Last edited by superdirac on 2011-4-5 at 20:26 ]

自由能的计算比简单的构象能量计算要复杂的多，但我们不能因为计算复杂了就用能量计算来代替自由能计算。

我前面举的粒子已经说明了wikipedia中态密度的描述是不全面的。我只摆事实，至于别人是否同意那就不是我的事情了。
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11楼2011-04-05 20:59:23
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superdirac

木虫 (正式写手)
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御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-06 12:22:27
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-04-05 20:59:23:
自由能的计算比简单的构象能量计算要复杂的多，但我们不能因为计算复杂了就用能量计算来代替自由能计算。

我前面举的粒子已经说明了wikipedia中态密度的描述是不全面的。我只摆事实，至于别人是否同意那就不 ...

1。 呵呵。是复杂。但是拿 一个构象根本就算不了自由能。既然得不到自由能，你又拿什么比和 别的构象去比 孰优孰劣。

2。我觉得wikipedia摆的事实应该比你摆的更正确。而且你举得例子本来就不对。呵呵。　还硬要说：wikipedia是不对的。这个就太那个了。呵呵。

[ Last edited by superdirac on 2011-4-5 at 21:13 ]
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
12楼2011-04-05 21:11:58
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-07 12:38:49
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Originally posted by superdirac at 2011-04-05 21:11:58:
1。 呵呵。是复杂。但是拿 一个构象根本就算不了自由能。既然得不到自由能，你又拿什么比和 别的构象去比 孰优孰劣。

2。我觉得wikipedia摆的事实应该比你摆的更正确。而且你举得例子本来就不对。呵呵。　 ...

我并没有说过我得不到自由能，自由能的计算有很多方法，具体怎么做要根据实际的体系来确定。

请问我所举的关于态密度的例子错在何处？
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13楼2011-04-05 21:17:14
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superdirac

木虫 (正式写手)
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ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-07 12:38:42
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-04-05 21:17:14:
我并没有说过我得不到自由能，自由能的计算有很多方法，具体怎么做要根据实际的体系来确定。

请问我所举的关于态密度的例子错在何处？

1.　那好，你就给　算一个构象的自由能出来。呵呵
2. 既然你对，那好 你凭什么说wikipeida不全面呢。呵呵！　
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
14楼2011-04-05 21:18:45
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
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ben_ladeng: 呵呵，狡辩个人觉得不妥。课题、体系和方法都是有多重性的，讨论中的争执在所难免，也无可厚非。建议修改下。欢迎常来 2011-04-06 07:13:15
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-04-07 12:38:34
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2011-04-05 21:18:45:
1.　那好，你就给　算一个构象的自由能出来。呵呵
2. 既然你对，那好 你凭什么说wikipeida不全面呢。呵呵！　

本人现在做的课题就有protein binding和unbinding的自由能计算

我上面所说的是wikipedia中有关态密度的介绍是狭隘的或不全面的，至于其他的我不作评价。既然你说不出我举的例子错误之处，那你又凭何为wikipedia中一页内容做无谓的辩解呢？

Edit: wikipeida --> wikipedia
Eidt: 狡辩 --> 做无谓的辩解(应版主建议)

[ Last edited by yahoohoo on 2011-4-6 at 13:02 ]
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15楼2011-04-05 21:30:33
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
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二位讨论很好，学术就应该这样，只是别涉及人身攻击就好，应Superdirac要求，我看请本版的专家老虎大王、老汉和Bay_Gulf来看看这个问题。

[ Last edited by ghcacj on 2011-4-6 at 09:47 ]
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16楼2011-04-06 09:46:06
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

天池冶海

优秀版主
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和气讨论，共同进步，可以相互学习，思想在碰撞中得到发展
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莫问前尘事，只怜今世缘，承临纵横风，御剑凡尘路，蹉跎浮华，嬉笑洒脱。
17楼2011-04-06 12:24:51
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
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引用回帖:
Originally posted by 御剑江湖 at 2011-04-06 12:24:51:
和气讨论，共同进步，可以相互学习，思想在碰撞中得到发展

互相学习只怕是我们一厢情愿的想法，无知者无畏的情形大家想必也看到了
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18楼2011-04-06 12:48:57
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2011-04-06 09:46:06:
二位讨论很好，学术就应该这样，只是别涉及人身攻击就好，应Superdirac要求，我看请本版的专家老虎大王、老汉和Bay_Gulf来看看这个问题。

[ Last edited by ghcacj on 2011-4-6 at 09:47 ]

我只是就事论事。如果说有人身攻击，那我倒是请问12楼是否是人身攻击呢？
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19楼2011-04-06 13:01:12
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+10, 模拟EPI+1): 老虎的点评很给力啊 2011-04-07 14:28:14
御剑江湖(金币+5): 谢谢你们的无私讨论！ 2011-04-07 18:20:47
是一种构型还是一种状态？楼主是说“能量低的构型，在数量上会占有优势”，这个话是有点缺陷的。
比如A－B合金（固溶体），我现在有一个1000原子的体系，其中998个A，2个B。考虑三个构型：
甲：2个B原子是最近邻。
乙：2个B原子距离很远（比如20个晶格），可以忽略2个B之间的相互作用
丙：2个B原子距离也很远，但两个B原子的位置和构像乙不同。
假定甲的能量较高，而乙和丙的能量应该是一样的。
按照楼主所说的玻尔兹曼分布，乙和丙的能量低于甲，它们出现的概率应该是大于甲的，但是我们具体到一个构像来说，你怎么样证明一个体系中乙构像的数量很多，或者丙的数量很多？你用MC方法，可以得到很多的乙构像么？实际上，与乙和丙构像的能量相等的构像有很多，我们只能说这样的能量状态的构像是很多的，而不是说乙构像很多，或者丙构像很多。

再换一个情形，假如构像甲的能量较低呢？你用任何方法，会不会得到很多的甲构像？三楼yahoohoo 说得很清楚，最可几的状态，并不是能量最低的状态。

楼主的说法，我感觉混淆了一些概念，主要是把一个确定的原子排布（即所谓的构型、构像，它代表的只是一个微观状态，是排列组合中的一员），与一个能量状态理解成同一回事，二是把状态变化的能量判据与热力学微观状态数相联系，并把能量最低当成了热力学几率最高，三是可能搞混了统计力学中概率密度与概率的概念。

一个给定的宏观状态下的体系，它的微观状态（即可能的构像分布）是很大量的，其中能量低的构像，它对系统总能量的贡献较大，这是MC方法中Metropolis重要性取样的基本原理。但要注意，是分布的概率密度与玻耳兹曼因子成正比，而不是它出现的概率本身与玻耳兹曼成正比。

总体上，我的理解和Yahoohoo的理解是相近的。但是superdirac有一点说得不错，就是对一个构型（即体系的一个微观状态），是无法计算自由能的，至少你没有办法对它定义熵项。有时候，比如我们对一个晶体，可以求它的自由能。晶体是规则排布的，看上去我们似乎是对一个确定的构像来求自由能，实际上我们还是针对一个体系来求的，不管你是用MC、MD方法求统计平均，还是用计算声子之类的方法，都是考虑的整个体系而不是一个给定的构像,也就是考虑了体系的大量微观状态，或者说考虑了原子在平衡位置附近的振动。所以我觉得，Yahoohoo在谈论自由能的时候，可能也无意中搞混了一些东西。

以上是我个人的一点感觉，还没有经过深思，大家还可以再来讨论，我说的有不对之处请多批评。
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20楼2011-04-07 14:17:02
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