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鱼妃

金虫 (著名写手)

挖坑不填

[交流] 【求助】关于玻尔兹曼公式 已有8人参与

想请教大家一个“问题”(这个问题只能加引号,肯定不是应该问的问题)
我对分子模拟完全不懂哈 别鄙视我的“问题”啊
如果两个构象 他们之间的deltaE=4.33kCal/mol(也就是18.1kJ/mol)那么即使是在常温下,能量低的一种构象也应该是占有绝对的数量优势,是吗?
=========================================
两个构象 Ei-Ej=18.1kJ/mol
那么[18.1*(10^3)J/mol]/[6.02*(10^23)/mol]=3.01*(10^-20)J
那么
Ni/Nj
=exp[-(Ei-Ej)/(kT)]
=exp{-(3.01*(10^-20)J)/[(1.38*(10^-23)J/K)]*273K}
=0.000339
我用波尔兹曼公式算对了吧?
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己所不欲,勿施于人;己所欲者,亦勿施人。无论穷达,但守本分;八风不动,独善自身。
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superdirac

木虫 (正式写手)


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嗯。 应该对吧。呵呵!
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
2楼2011-04-05 12:09:40
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superdirac

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-04-05 15:52:06:
上述分析不完全对。

这里有一个重要的概念——态密度(Density of States)。如果你能确定所考虑的“两个”构象A和B都是独一无二的,也就是说在体系中构象A和B的数量都为1(态密度 $g_A = 1$, $g_B = 1$),那 ...

??

一个构象 对应一个 能量。则这个构象出现的的概率是: exp(-E/kt).

我觉得:lz主要是想你一下这两个 构象那个更容易出现吧?
 呵呵!
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4楼2011-04-05 17:30:10
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superdirac

木虫 (正式写手)

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御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-05 19:45:07
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-04-05 20:26:45
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-04-05 18:13:37:
再仔细考虑下我的解释吧。

呵呵。
 我觉得 你用 态密度 完全没有必要。呵呵。

   态密度的意思 仅仅是把体系所有可能的构象重新按能量高低排序,并统计。也就是个能量密度分布。计算自由能的时候,是对所有可能的能量按这个分布平均而已。而且如果要说自由能的话,两个构象是远远不够的。
  
  而lz这里是:已知两个特定的构象。然后看看哪一个构象更容易出现。

 呵呵。 望 楼上的高手再 研究研究? 呵呵!

[ Last edited by superdirac on 2011-4-5 at 18:34 ]
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6楼2011-04-05 18:20:02
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superdirac

木虫 (正式写手)

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御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-06 12:21:39
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-04-05 19:43:59:
两个特定构象并不等价于两个构象的态密度为1。而态密度也并不是仅仅按能量划分。

首先:呵呵。 单单比一下孰优孰劣,那个态更容易出现。boltzmann 分布就可以了。用不着态密度。相见下文:

Alternatively, for a single system at a well-defined temperature, it [Boltzmann distribution] gives the probability that the system is in the specified state [http://en.wikipedia.org/wiki/Boltzmann_distribution]

其次:从这里http://en.wikipedia.org/wiki/Density_of_states查到
In solid-state and condensed matter physics, the density of states (DOS) of a system describes the number of states per interval of energy at each energy level that are available to be occupied.
我觉的这个就是 仅仅 按能量分的。呵呵!没觉得有什么别的指标。

呵呵。 
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8楼2011-04-05 20:02:19
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superdirac

木虫 (正式写手)


御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-06 12:22:01
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-04-05 20:18:30:
那个构象更容易出现不是由能量决定,而是由自由能决定。对于态密度为1的构象这一特例,其自由能等于构象能量。

Wikipeida中态密度的理解是狭隘的。以理想气体为例,假设我们的体系中只有两个分子,那么我们可 ...

呵呵。 

呵呵。给你一个构象,你能把它的自由能算出来吗?呵呵。

关于wikipedia 是 狭隘的,这种说法真的不敢苟同。
  

[ Last edited by superdirac on 2011-4-5 at 20:26 ]
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10楼2011-04-05 20:22:27
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superdirac

木虫 (正式写手)

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御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-06 12:22:27
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-04-05 20:59:23:
自由能的计算比简单的构象能量计算要复杂的多,但我们不能因为计算复杂了就用能量计算来代替自由能计算。

我前面举的粒子已经说明了wikipedia中态密度的描述是不全面的。我只摆事实,至于别人是否同意那就不 ...

1。 呵呵。是复杂。但是拿 一个构象根本就算不了自由能。既然得不到自由能,你又拿什么比和 别的构象去比 孰优孰劣。

2。我觉得wikipedia摆的事实应该比你摆的更正确。而且你举得例子本来就不对。呵呵。 还硬要说:wikipedia是不对的。这个就太那个了。呵呵。

[ Last edited by superdirac on 2011-4-5 at 21:13 ]
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
12楼2011-04-05 21:11:58
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superdirac

木虫 (正式写手)

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ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-07 12:38:42
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-04-05 21:17:14:
我并没有说过我得不到自由能,自由能的计算有很多方法,具体怎么做要根据实际的体系来确定。

请问我所举的关于态密度的例子错在何处?

1. 那好,你就给 算一个构象的自由能出来。呵呵
2. 既然你对,那好 你凭什么说wikipeida不全面呢。呵呵! 
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14楼2011-04-05 21:18:45
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