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鱼妃

金虫 (著名写手)

挖坑不填

[交流] 【求助】关于玻尔兹曼公式 已有8人参与

想请教大家一个“问题”(这个问题只能加引号,肯定不是应该问的问题)
我对分子模拟完全不懂哈 别鄙视我的“问题”啊
如果两个构象 他们之间的deltaE=4.33kCal/mol(也就是18.1kJ/mol)那么即使是在常温下,能量低的一种构象也应该是占有绝对的数量优势,是吗?
=========================================
两个构象 Ei-Ej=18.1kJ/mol
那么[18.1*(10^3)J/mol]/[6.02*(10^23)/mol]=3.01*(10^-20)J
那么
Ni/Nj
=exp[-(Ei-Ej)/(kT)]
=exp{-(3.01*(10^-20)J)/[(1.38*(10^-23)J/K)]*273K}
=0.000339
我用波尔兹曼公式算对了吧?
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己所不欲,勿施于人;己所欲者,亦勿施人。无论穷达,但守本分;八风不动,独善自身。
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superdirac

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-06 12:21:39
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-04-05 19:43:59:
两个特定构象并不等价于两个构象的态密度为1。而态密度也并不是仅仅按能量划分。

首先:呵呵。 单单比一下孰优孰劣,那个态更容易出现。boltzmann 分布就可以了。用不着态密度。相见下文:

Alternatively, for a single system at a well-defined temperature, it [Boltzmann distribution] gives the probability that the system is in the specified state [http://en.wikipedia.org/wiki/Boltzmann_distribution]

其次:从这里http://en.wikipedia.org/wiki/Density_of_states查到
In solid-state and condensed matter physics, the density of states (DOS) of a system describes the number of states per interval of energy at each energy level that are available to be occupied.
我觉的这个就是 仅仅 按能量分的。呵呵!没觉得有什么别的指标。

呵呵。 
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
8楼2011-04-05 20:02:19
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superdirac

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
嗯。 应该对吧。呵呵!
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
2楼2011-04-05 12:09:40
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 申请通过 2011-04-05 17:40:06
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-05 19:44:30
引用回帖:
Originally posted by 鱼妃 at 2011-04-05 11:49:35:
想请教大家一个“问题”(这个问题只能加引号,肯定不是应该问的问题)
我对分子模拟完全不懂哈 别鄙视我的“问题”啊
如果两个构象 他们之间的deltaE=4.33kCal/mol(也就是18.1kJ/mol)那么即使是在常温下,能量 ...

上述分析不完全对。

这里有一个重要的概念——态密度(Density of States)。如果你能确定所考虑的“两个”构象A和B都是独一无二的,也就是说在体系中构象A和B的数量都为1(态密度 $g_A = 1$, $g_B = 1$),那么你的计算是没有问题的。但是实际的体系中很多微观构象都具有相等的能量,也就是$g_A \neq 1$,$g_B \neq 1$。在这种情况下,构象A和B的出现几率为$P_i \propto g_i \exp {-E_i / k_BT}$。

形象地说,假设你所考虑的构象A是体系最可几的,也就是自由能最低的,而构象B则是能量最低的构象。尽管B的能量最低,但是我们假设体系只有一个能量最低的构象,也就是 $g_B = 1$,那么构象B出现的几率仍然小于A。

所以,能量低的构象出现的几率并不一定就大,只有自由能低的出现的几率才一定大。

[ Last edited by yahoohoo on 2011-4-5 at 15:55 ]
3楼2011-04-05 15:52:06
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superdirac

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-04-05 15:52:06:
上述分析不完全对。

这里有一个重要的概念——态密度(Density of States)。如果你能确定所考虑的“两个”构象A和B都是独一无二的,也就是说在体系中构象A和B的数量都为1(态密度 $g_A = 1$, $g_B = 1$),那 ...

??

一个构象 对应一个 能量。则这个构象出现的的概率是: exp(-E/kt).

我觉得:lz主要是想你一下这两个 构象那个更容易出现吧?
 呵呵!
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
4楼2011-04-05 17:30:10
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