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[交流] 【讨论】看到一个gcmc算CO的模型

其中使用的CO的模型如图片所示，貌似有什么质心距离，这个在ms中不知道怎么实现，在music中比较好实现。。。。

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1楼 2011-04-02 21:42:48

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winterz

木虫 (小有名气)

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zyj8119(金币+1):谢谢参与
御剑江湖: 鼓励回帖 2011-04-03 22:46:55
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-04-04 22:45:50
zyj8119(金币+4): 谢谢建议。。。 2011-04-05 08:27:37

LZ提供的CO模型是一个4-site模型，其中有两个虚原子位表示负电荷。MS里面好像还不能设置虚原子位，它里面所用的力场模型均是All-atom模型，再说LJ参数修改也不是太方便。
许多人使用MS做MC或MD模拟一开始都是为了图个方便，可是在做研究的过程中真正需要我们对参数customized的时候MS又显得比较鸡肋。所以还是使用像MUSIC、towhee这样的软件来实现这种4-site CO模型要好一些的。