24小时热门版块排行榜    

查看: 2087  |  回复: 10

[交流] 【讨论】看到一个gcmc算CO的模型

其中使用的CO的模型如图片所示,貌似有什么质心距离,这个在ms中不知道怎么实现,在music中比较好实现。。。。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

计算MS等

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:45:14
MS应该很难实现,推荐使用普通的CO模型,就是只包含C和O
2楼2011-04-02 22:01:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:45:22
zyj8119(金币+3): 谢谢提示。。。 2011-04-05 08:27:54
学习下ms中的help,弱弱的揣测一下,质心距离能否理解为原子对半径加键长,如果是就不难了。
3楼2011-04-02 22:59:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2011-04-02 22:01:20:
MS应该很难实现,推荐使用普通的CO模型,就是只包含C和O

那样貌似算的就不准确了。。。
4楼2011-04-03 14:22:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-03 21:23:19
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:45:31
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:45:53
引用回帖:
Originally posted by 御剑江湖 at 2011-04-02 22:59:11:
学习下ms中的help,弱弱的揣测一下,质心距离能否理解为原子对半径加键长,如果是就不难了。

质心距离估计是要使用原子量的,[m(c)/(m(c)+m(o))]*l(c-o)距离C的位置。。。
5楼2011-04-03 14:25:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yingbin2010

金虫 (正式写手)



zyj8119(金币+1):谢谢参与
顶起
7楼2011-04-03 15:11:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

20002504

至尊木虫 (知名作家)



zyj8119(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2011-04-02 22:01:20:
MS应该很难实现,推荐使用普通的CO模型,就是只包含C和O

支持CO模型!!
8楼2011-04-03 15:18:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
引用回帖:
Originally posted by 20002504 at 2011-04-03 15:18:47:
支持CO模型!!

什么?????
9楼2011-04-03 15:37:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

winterz

木虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
御剑江湖: 鼓励回帖 2011-04-03 22:46:55
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-04-04 22:45:50
zyj8119(金币+4): 谢谢建议。。。 2011-04-05 08:27:37
LZ提供的CO模型是一个4-site模型,其中有两个虚原子位表示负电荷。MS里面好像还不能设置虚原子位,它里面所用的力场模型均是All-atom模型,再说LJ参数修改也不是太方便。
许多人使用MS做MC或MD模拟一开始都是为了图个方便,可是在做研究的过程中真正需要我们对参数customized的时候MS又显得比较鸡肋。所以还是使用像MUSIC、towhee这样的软件来实现这种4-site CO模型要好一些的。
10楼2011-04-03 16:44:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
zyj8119(金币+5): 是版主吧,ls说的没啥道理,ls就是我吧? 2011-04-04 15:48:23
LS说的有道理
11楼2011-04-03 19:14:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
yyp_1236楼
2011-04-03 14:44   回复  
zyj8119(金币+1):谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 zyj8119 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 人气不行了 +7 fansofjerry 2026-08-21 7/350 2026-08-21 14:13 by Vivilian
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +15 医学老男孩 2026-08-20 18/900 2026-08-21 13:46 by 医学老男孩
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +5 chengyan1220 2026-08-21 5/250 2026-08-21 12:34 by gltch
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 什么时候开奖? +7 CrisMessi 2026-08-18 7/350 2026-08-21 12:15 by weiyin
[基金申请] 时间戳又变了 +12 wuchongjun 2026-08-20 18/900 2026-08-21 11:53 by wuchongjun
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +15 archvillain 2026-08-15 27/1350 2026-08-21 11:32 by tim76
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +15 kkkl_v 2026-08-19 16/800 2026-08-21 11:22 by 365372687
[基金申请] 科研孤儿太难了 +15 我4大白菜 2026-08-20 16/800 2026-08-21 11:07 by yming1319
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
信息提示
请填处理意见