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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】看到一个gcmc算CO的模型

其中使用的CO的模型如图片所示，貌似有什么质心距离，这个在ms中不知道怎么实现，在music中比较好实现。。。。
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1楼 2011-04-02 21:42:48
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)
★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:45:14
MS应该很难实现，推荐使用普通的CO模型，就是只包含C和O
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-04-02 22:01:20
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)
★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:45:22
zyj8119(金币+3): 谢谢提示。。。 2011-04-05 08:27:54
学习下ms中的help，弱弱的揣测一下，质心距离能否理解为原子对半径加键长，如果是就不难了。
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3楼2011-04-02 22:59:11
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2011-04-02 22:01:20:
MS应该很难实现，推荐使用普通的CO模型，就是只包含C和O

那样貌似算的就不准确了。。。
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4楼2011-04-03 14:22:13
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-03 21:23:19
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:45:31
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:45:53
引用回帖:
Originally posted by 御剑江湖 at 2011-04-02 22:59:11:
学习下ms中的help，弱弱的揣测一下，质心距离能否理解为原子对半径加键长，如果是就不难了。

质心距离估计是要使用原子量的，[m(c)/(m(c)+m(o))]*l(c-o)距离C的位置。。。
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5楼2011-04-03 14:25:32
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yingbin2010

金虫 (正式写手)
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
顶起
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7楼2011-04-03 15:11:09
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20002504

至尊木虫 (知名作家)
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2011-04-02 22:01:20:
MS应该很难实现，推荐使用普通的CO模型，就是只包含C和O

支持CO模型！！
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8楼2011-04-03 15:18:47
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 20002504 at 2011-04-03 15:18:47:
支持CO模型！！

什么？？？？？
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9楼2011-04-03 15:37:08
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winterz

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
御剑江湖: 鼓励回帖 2011-04-03 22:46:55
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-04-04 22:45:50
zyj8119(金币+4): 谢谢建议。。。 2011-04-05 08:27:37
LZ提供的CO模型是一个4-site模型，其中有两个虚原子位表示负电荷。MS里面好像还不能设置虚原子位，它里面所用的力场模型均是All-atom模型，再说LJ参数修改也不是太方便。
许多人使用MS做MC或MD模拟一开始都是为了图个方便，可是在做研究的过程中真正需要我们对参数customized的时候MS又显得比较鸡肋。所以还是使用像MUSIC、towhee这样的软件来实现这种4-site CO模型要好一些的。
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10楼2011-04-03 16:44:14
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)
zyj8119(金币+5): 是版主吧，ls说的没啥道理，ls就是我吧？ 2011-04-04 15:48:23
LS说的有道理
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11楼2011-04-03 19:14:32
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yyp_1236楼
2011-04-03 14:44   回复  
zyj8119(金币+1):谢谢参与
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