应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【讨论】看到一个gcmc算CO的模型
111/1返回列表
查看: 2158  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】看到一个gcmc算CO的模型

其中使用的CO的模型如图片所示，貌似有什么质心距离，这个在ms中不知道怎么实现，在music中比较好实现。。。。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

计算MS等

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-04-02 21:42:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)
★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:45:14
MS应该很难实现，推荐使用普通的CO模型，就是只包含C和O
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-04-02 22:01:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)
★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:45:22
zyj8119(金币+3): 谢谢提示。。。 2011-04-05 08:27:54
学习下ms中的help，弱弱的揣测一下，质心距离能否理解为原子对半径加键长，如果是就不难了。
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-04-02 22:59:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2011-04-02 22:01:20:
MS应该很难实现，推荐使用普通的CO模型，就是只包含C和O

那样貌似算的就不准确了。。。
赞一下 回复此楼
4楼2011-04-03 14:22:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-03 21:23:19
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:45:31
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:45:53
引用回帖:
Originally posted by 御剑江湖 at 2011-04-02 22:59:11:
学习下ms中的help，弱弱的揣测一下，质心距离能否理解为原子对半径加键长，如果是就不难了。

质心距离估计是要使用原子量的，[m(c)/(m(c)+m(o))]*l(c-o)距离C的位置。。。
赞一下(3人) 回复此楼
5楼2011-04-03 14:25:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yingbin2010

金虫 (正式写手)
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
顶起
回复此楼
7楼2011-04-03 15:11:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

20002504

至尊木虫 (知名作家)
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2011-04-02 22:01:20:
MS应该很难实现，推荐使用普通的CO模型，就是只包含C和O

支持CO模型！！
回复此楼
8楼2011-04-03 15:18:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 20002504 at 2011-04-03 15:18:47:
支持CO模型！！

什么？？？？？
回复此楼
9楼2011-04-03 15:37:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

winterz

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
御剑江湖: 鼓励回帖 2011-04-03 22:46:55
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-04-04 22:45:50
zyj8119(金币+4): 谢谢建议。。。 2011-04-05 08:27:37
LZ提供的CO模型是一个4-site模型，其中有两个虚原子位表示负电荷。MS里面好像还不能设置虚原子位，它里面所用的力场模型均是All-atom模型，再说LJ参数修改也不是太方便。
许多人使用MS做MC或MD模拟一开始都是为了图个方便，可是在做研究的过程中真正需要我们对参数customized的时候MS又显得比较鸡肋。所以还是使用像MUSIC、towhee这样的软件来实现这种4-site CO模型要好一些的。
赞一下(3人) 回复此楼
10楼2011-04-03 16:44:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)
zyj8119(金币+5): 是版主吧，ls说的没啥道理，ls就是我吧？ 2011-04-04 15:48:23
LS说的有道理
回复此楼
11楼2011-04-03 19:14:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
yyp_1236楼
2011-04-03 14:44   回复  
zyj8119(金币+1):谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 zyj8119 的主题更新
111/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:54 by yCO1Ll7aHtsw
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:47 by yCO1Ll7aHtsw
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 15:46 by etmYJ6d2rquH
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 4/200 2026-09-29 15:15 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 15:04 by etmYJ6d2rquH
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:58 by etmYJ6d2rquH
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 6/300 2026-09-29 14:41 by etmYJ6d2rquH
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:30 by etmYJ6d2rquH
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:24 by etmYJ6d2rquH
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-29 14:13 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 7/350 2026-09-29 14:07 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 3/150 2026-09-29 13:56 by etmYJ6d2rquH
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-29 13:50 by etmYJ6d2rquH
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 4/200 2026-09-29 09:49 by JzYBbHIXWSrW
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:42 by ZvyPK8n6Nfki
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:28 by ZvyPK8n6Nfki
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:12 by b8fCuTHqckEt
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[找工作] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-28 22:32 by ez6fGg9abYaj
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 18:51 by 9lS3ad5oOymn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭