[交流] 【求助/交流】请做过RAPD的虫子支招

我现在要做RAPD筛选一组特异性的序列，但是不知道RAPD引物筛选要注意什么。很多人都说RAPD是不大可靠的，但是如果幸运，也能找到想要的特异性片段。前段时间根据别人用RAPD筛选的序列做了组TaqMan引物和探针，结果悲剧的特异性不好，还不是引物的特异性不好，是序列本身就不是特异性片段。唉，也怪自己当时只在NCBI上进行了比对，没有实验验证一下引物。现在迷茫中，准备自己做RAPD，筛选特异性序列。请做过RAPD的虫虫们，给介绍一下引物筛选的注意事项。

[ Last edited by 1949stone on 2011-9-29 at 11:42 ]

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1楼 2011-03-29 13:16:21

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dongyansd

金虫 (初入文坛)

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在线: 5.5小时
虫号: 1115112

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖

你做的是植物还是动物的啊？我做鱼类的RAPD分析，希望指导一下

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8楼2011-11-29 20:08:44

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terry130

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
dhd997(金币+3): good 2011-03-29 16:43:05
yangjie86(金币+2): 2011-03-29 21:55:16

硕士的时候做过，很遥远了。。。RAPD不是用的10bp的随机引物吗？我记得当初做的时候是订购了一大批随机引物，然后一个一个试，最后选几个在个体间存在较大差异且背景很干净的引物。进一步进行种内遗传多样性的比对。感觉怎么跟你说的这个不是一个东西呢。。。。。

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2楼2011-03-29 15:23:10

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yangjie86

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 558.9
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虫号: 815426

引用回帖:

Originally posted by terry130 at 2011-03-29 15:23:10:
硕士的时候做过，很遥远了。。。RAPD不是用的10bp的随机引物吗？我记得当初做的时候是订购了一大批随机引物，然后一个一个试，最后选几个在个体间存在较大差异且背景很干净的引物。进一步进行种内遗传多样性的比对 ...

是的，RAPD一般是这样做的。但很多文献中说如果知道是什么物种，而且别人已经筛选过相似的序列的话，可以从其中筛选几个条带比较好的序列来做，这样筛选出现条带到的几率比较大。

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3楼2011-03-29 21:58:50

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