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yangjie86

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】请做过RAPD的虫子支招

我现在要做RAPD筛选一组特异性的序列，但是不知道RAPD引物筛选要注意什么。很多人都说RAPD是不大可靠的，但是如果幸运，也能找到想要的特异性片段。前段时间根据别人用RAPD筛选的序列做了组TaqMan引物和探针，结果悲剧的特异性不好，还不是引物的特异性不好，是序列本身就不是特异性片段。唉，也怪自己当时只在NCBI上进行了比对，没有实验验证一下引物。现在迷茫中，准备自己做RAPD，筛选特异性序列。请做过RAPD的虫虫们，给介绍一下引物筛选的注意事项。

[ Last edited by 1949stone on 2011-9-29 at 11:42 ]
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1楼 2011-03-29 13:16:21
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terry130

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
dhd997(金币+3): good 2011-03-29 16:43:05
yangjie86(金币+2): 2011-03-29 21:55:16
硕士的时候做过，很遥远了。。。RAPD不是用的10bp的随机引物吗？我记得当初做的时候是订购了一大批随机引物，然后一个一个试，最后选几个在个体间存在较大差异且背景很干净的引物。进一步进行种内遗传多样性的比对。感觉怎么跟你说的这个不是一个东西呢。。。。。
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2楼2011-03-29 15:23:10
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yangjie86

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by terry130 at 2011-03-29 15:23:10:
硕士的时候做过，很遥远了。。。RAPD不是用的10bp的随机引物吗？我记得当初做的时候是订购了一大批随机引物，然后一个一个试，最后选几个在个体间存在较大差异且背景很干净的引物。进一步进行种内遗传多样性的比对 ...

是的，RAPD一般是这样做的。但很多文献中说如果知道是什么物种，而且别人已经筛选过相似的序列的话，可以从其中筛选几个条带比较好的序列来做，这样筛选出现条带到的几率比较大。
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3楼2011-03-29 21:58:50
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terry130

木虫 (正式写手)
★ ★
dhd997(金币+2): 欢迎交流 2011-03-30 08:11:15
yangjie86(金币+2): 2011-03-30 08:53:55
引用回帖:
Originally posted by yangjie86 at 2011-03-29 21:58:50:
是的，RAPD一般是这样做的。但很多文献中说如果知道是什么物种，而且别人已经筛选过相似的序列的话，可以从其中筛选几个条带比较好的序列来做，这样筛选出现条带到的几率比较大。

原来是这个意思啊。。。10bp引物很便宜的，买它几十个也无所谓啊。RAPD敏感性很高，同一个物种在不同的区域都会有很大差异的。这种东西最好还是自己筛选，另外你的引文是不是中文的？？中文的话最好无视。。。。大家都懂的。。。不解释。
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4楼2011-03-30 07:25:25
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yangjie86

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by terry130 at 2011-03-30 07:25:25:
原来是这个意思啊。。。10bp引物很便宜的，买它几十个也无所谓啊。RAPD敏感性很高，同一个物种在不同的区域都会有很大差异的。这种东西最好还是自己筛选，另外你的引文是不是中文的？？中文的话最好无视。。。。 ...

多谢指导！原来引用的序列是中国人发的英文，现在筛选的引物都是外国人发的英文文献中的。
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5楼2011-03-30 08:56:01
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张小逸

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
wanhscn(金币+2): 鼓励新虫发帖！引物是通用的！ 2011-09-29 11:16:49
引用回帖:
2楼: Originally posted by terry130 at 2011-03-29 15:23:10:
硕士的时候做过，很遥远了。。。RAPD不是用的10bp的随机引物吗？我记得当初做的时候是订购了一大批随机引物，然后一个一个试，最后选几个在个体间存在较大差异且背景很干净的引物。进一步进行种内遗传多样性的比对 ...

我是新手，最近也要做RAPD，请问引物如何让设计？一般设计多少呢？谢谢
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7楼2011-09-29 10:21:11
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dongyansd

金虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
你做的是植物还是动物的啊？我做鱼类的RAPD分析，希望指导一下
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8楼2011-11-29 20:08:44
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简单回复
莫小邪6楼
2011-03-30 09:17   回复  
yangjie86(金币+1): 2011-03-30 11:07:48
dhd997: 求助交流帖子，最好不要只是为了一个金币而来。 2011-03-30 13:07:36
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