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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yangjie86

金虫 (正式写手)


[交流] 【求助/交流】请做过RAPD的虫子支招

我现在要做RAPD筛选一组特异性的序列,但是不知道RAPD引物筛选要注意什么。很多人都说RAPD是不大可靠的,但是如果幸运,也能找到想要的特异性片段。前段时间根据别人用RAPD筛选的序列做了组TaqMan引物和探针,结果悲剧的特异性不好,还不是引物的特异性不好,是序列本身就不是特异性片段。唉,也怪自己当时只在NCBI上进行了比对,没有实验验证一下引物。现在迷茫中,准备自己做RAPD,筛选特异性序列。请做过RAPD的虫虫们,给介绍一下引物筛选的注意事项。

[ Last edited by 1949stone on 2011-9-29 at 11:42 ]
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terry130

木虫 (正式写手)


★ ★ ★
dhd997(金币+3): good 2011-03-29 16:43:05
yangjie86(金币+2): 2011-03-29 21:55:16
硕士的时候做过,很遥远了。。。RAPD不是用的10bp的随机引物吗?我记得当初做的时候是订购了一大批随机引物,然后一个一个试,最后选几个在个体间存在较大差异且背景很干净的引物。进一步进行种内遗传多样性的比对。感觉怎么跟你说的这个不是一个东西呢。。。。。
2楼2011-03-29 15:23:10
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yangjie86

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by terry130 at 2011-03-29 15:23:10:
硕士的时候做过,很遥远了。。。RAPD不是用的10bp的随机引物吗?我记得当初做的时候是订购了一大批随机引物,然后一个一个试,最后选几个在个体间存在较大差异且背景很干净的引物。进一步进行种内遗传多样性的比对 ...

是的,RAPD一般是这样做的。但很多文献中说如果知道是什么物种,而且别人已经筛选过相似的序列的话,可以从其中筛选几个条带比较好的序列来做,这样筛选出现条带到的几率比较大。
3楼2011-03-29 21:58:50
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terry130

木虫 (正式写手)


★ ★
dhd997(金币+2): 欢迎交流 2011-03-30 08:11:15
yangjie86(金币+2): 2011-03-30 08:53:55
引用回帖:
Originally posted by yangjie86 at 2011-03-29 21:58:50:
是的,RAPD一般是这样做的。但很多文献中说如果知道是什么物种,而且别人已经筛选过相似的序列的话,可以从其中筛选几个条带比较好的序列来做,这样筛选出现条带到的几率比较大。

原来是这个意思啊。。。10bp引物很便宜的,买它几十个也无所谓啊。RAPD敏感性很高,同一个物种在不同的区域都会有很大差异的。这种东西最好还是自己筛选,另外你的引文是不是中文的??中文的话最好无视。。。。大家都懂的。。。不解释。
4楼2011-03-30 07:25:25
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yangjie86

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by terry130 at 2011-03-30 07:25:25:
原来是这个意思啊。。。10bp引物很便宜的,买它几十个也无所谓啊。RAPD敏感性很高,同一个物种在不同的区域都会有很大差异的。这种东西最好还是自己筛选,另外你的引文是不是中文的??中文的话最好无视。。。。 ...

多谢指导!原来引用的序列是中国人发的英文,现在筛选的引物都是外国人发的英文文献中的。
5楼2011-03-30 08:56:01
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张小逸

铜虫 (小有名气)


★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
wanhscn(金币+2): 鼓励新虫发帖!引物是通用的! 2011-09-29 11:16:49
引用回帖:
2楼: Originally posted by terry130 at 2011-03-29 15:23:10:
硕士的时候做过,很遥远了。。。RAPD不是用的10bp的随机引物吗?我记得当初做的时候是订购了一大批随机引物,然后一个一个试,最后选几个在个体间存在较大差异且背景很干净的引物。进一步进行种内遗传多样性的比对 ...

我是新手,最近也要做RAPD,请问引物如何让设计?一般设计多少呢?谢谢
7楼2011-09-29 10:21:11
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dongyansd

金虫 (初入文坛)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
你做的是植物还是动物的啊?我做鱼类的RAPD分析,希望指导一下
8楼2011-11-29 20:08:44
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简单回复
莫小邪6楼
2011-03-30 09:17   回复  
yangjie86(金币+1): 2011-03-30 11:07:48
dhd997: 求助交流帖子,最好不要只是为了一个金币而来。 2011-03-30 13:07:36
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