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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请教如何使用GROMACS做PMF？
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shengxiang

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】请教如何使用GROMACS做PMF？ 已有6人参与

请教如何使用GROMACS做PMF？有做过的还望不吝赐教~~~
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1楼 2011-03-11 16:57:28
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Youngchsh

木虫 (正式写手)

Gerrard
没有遇到过，等待高人
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原来木虫还挺有意思的
2楼2011-03-12 15:03:16
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-23 12:45:32
umbrella sample.

　不过，我用的是namd。  计算pmf，用ABF。
赞一下(1人) 回复此楼
我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
3楼2011-03-23 10:28:17
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shengxiang

木虫 (著名写手)
哦啊  那我去试试 谢谢你了
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4楼2011-03-24 08:56:18
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fantastic

银虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gromacs有个教程就是做PMF的，上去看看吧！
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-04-12 16:08:42
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shengxiang

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by fantastic at 2011-04-12 16:08:42:
gromacs有个教程就是做PMF的，上去看看吧！

是吗？那我看看去，能给下网址吗？
赞一下 回复此楼
6楼2011-04-13 09:18:37
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fantastic

银虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-13 15:51:20
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-04-13 09:18:37:
是吗？那我看看去，能给下网址吗？

gromacs的官网上面的，你google一下就出来了
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2011-04-13 11:09:02
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jackwangee

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): good 2011-12-21 18:52:34
http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... dle\" border=\"0\">
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2011-12-21 10:28:45
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476992939

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
998076楼: Originally posted by superdirac at 2011-03-23 10:28:17:
umbrella sample.

　不过，我用的是namd。  计算pmf，用ABF。

具体用namd怎么计算PMF呢？
赞一下 回复此楼
9楼2012-03-29 09:08:05
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