| 查看: 662 | 回复: 1 | |||
[交流]
【求助】VASP计算出错--新年第一帖
|
|
首先祝虫子们新年快乐啊。 我的计算环境如下： 我有两个Nodes，是HP的BL460c G7，配置是 Intel X5670 24G内存，两块20G的网卡。 我安装的系统的Debian-Lenny, 64bits 编译器是Intel的icc,ifort和MKL（version-11), 以及MPICH2。我已经 安装好VASP，才用Bewulf结构，但是计算中出现了问题： 1.如果我只在一个node上做计算（只启动一个node），采用mpirun，可以全速计算，MPI不会出现问题： 2.但是假如我同事启动两个，node0和node1（也就是两个node有数据交流时，不管用的核多少），我使用mpirun时，当POSCAR 或者说计算的super cell超过一定值时，就会报如下的错： ################################################### Fatal error in MPI_Waitall: Other MPI error, error stack: MPI_Waitall(261)..................: MPI_Waitall(count=46, req_array=0x7fffeeca46a0, status_array=0x7fffeeca4760) failed MPIDI_CH3I_Progress(150)..........: MPID_nem_mpich2_blocking_recv(948): MPID_nem_tcp_connpoll(1709).......: Communication error rank 23 in job 1 node0_55860 caused collective abort of all ranks exit status of rank 23: killed by signal 9 ###################################################举个例子,VASP的例子，关于水的优化： O atom in a box 1.0 ! universal scaling parameters 8.0 0.0 0.0 ! lattice vector a(1) 0.0 8.0 0.0 ! lattice vector a(2) 0.0 0.0 8.0 ! lattice vector a(3) 1 ! number of atoms cart ! positions in cartesian coordinates 0 0 0 当 “1.0 ! universal scaling parameters”，时，同时在两个nodes上计算（也就是两个node有数据交流时）会出错的，但是在一个node上不会。 但是当把“1.0 ! universal scaling parameters”中的“1”修改成0.5时，就不会。 我也测试过不管怎么样，当supercell超过4，就会出错。 我想这可能是我编译VASP时有问题啦，那位虫子能给点建议嘛？谢谢。。。  |
回复此楼» 猜你喜欢
青椒八年已不青，大家都被折磨成啥样了？
已经有7人回复
-
为什么nbs上溴 没有产物点出现呢
已经有10人回复
-
救命帖
已经有11人回复
-
招博士
已经有5人回复
-
青年基金C终止
已经有3人回复
-
26申博求博导推荐-遥感图像处理方向
已经有4人回复
-
限项规定
已经有7人回复
-
西南交通大学国家级人才团队2026年博士研究生招生（考核制）—机械、材料、力学方向
已经有3人回复
-
英文综述是否需要润色及查重
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- vasp5.2计算误差太大
已经有11人回复
- VASP 磁性BerryPhase计算问题（Berryphase异常大）
已经有3人回复
- VASP计算：如何处理波函数占用空间太大的问题
已经有5人回复
- vasp 并行运算出错
已经有7人回复
- vasp计算静态出现错误！
已经有5人回复
- vasp计算在进行静态计算时，出错。
已经有3人回复
- 【求助】vasp计算出错，不知道问题出在哪里
已经有5人回复
- 【求助】vasp计算过渡态结果出错
已经有17人回复
- 【求助】VASP 计算磁学性质时出现错误
已经有3人回复
- 【求助】使用vasp进行带心冻结声子计算的几个问题~~~
已经有9人回复
- 【求助】vasp5 光学计算结果问题
已经有4人回复
- 【求助】vasp静态计算能量值错误
已经有21人回复
- 【求助】用vasp计算磁矩的问题
已经有13人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
邀您投稿 Polymers 特刊
+1/481
-
上海87年GG诚求女友
+1/166
-
招聘启事 江南大学乳品加工与营养健康团队博士后招聘
+2/112
-
南方医科大学发育生物学教研室夏来新教授课题组招收26级博士研究生
+1/77
-
征婚
+1/64
-
东北大学-招收2026年硕士研究生2-3名（金属材料3D打印方向）
+5/50
-
武汉大学博士生/直博生招聘（微纳光驱动与片上光子学）
+5/35
-
南开大学物理学院张书辉副教授招收凝聚态物理理论方向博士生、硕士生
+1/32
-
西交利物浦大学黄彪院士招收26年全奖博士生1名（工业智能方向）
+1/31
-
中国科学院上海光学精密机械研究所 特种强激光薄膜课题组
+1/31
-
2026湖南科技大学化学化工学院招新能源电池方向博士生
+1/28
-
辽宁材料实验室框架复合材料课题组招收联合培养研究生（长期有效）
+2/22
-
青岛大学化学院泰山学者冯佳课题组申请考核制博士招生
+1/17
-
美国密苏里大学堪萨斯城分校（UMKC）生物材料诚聘全奖博士
+1/13
-
论文投稿散金祈愿-电机学报
+2/8
-
顺磁计算交流
+1/7
-
中国科学技术大学 招特任副研究员 有机-钙钛矿方向
+1/6
-
福建师范大学柔性电子学院 院士团队招2026级博士 光电器件、发光传感忆阻器
+1/5
-
浙江大学 “分子智造”课题组 诚聘 博士后及科研助理
+1/3
-
河北工业大学层状材料与器件团队诚聘二维材料与原位电子显微学方向青年教师与博士后
+1/1
2楼2011-02-08 13:41:59